上�？店攀⒆�2009年成立以來，在多組學分析領域積累了豐富的經(jīng)驗，長期致力于提供前沿的基因組學，蛋白組學，代謝組學和脂質組學優(yōu)質軟件解決方案。 

在這個特殊時期，康昱盛希望能夠為國內新冠相關研究提供力所能及的幫助，作為凱杰生物信息產品線國內代理商，將聯(lián)合凱杰公司為中國正在進行SARS-CoV-2病毒及COVID-19疾病研究的科
研工作者提供：

CLC Genomics Workbench & Ingenuity Pathway Analysis（IPA）限時免費！ 

CLC Genomics Workbench

國際主流的二代測序分析綜合分析平臺CLC Genomics Workbench提供基因組，轉錄組，表觀基因組和宏基因組的綜合數(shù)據(jù)分析。

CLC可以提供快速準確地組裝新冠病毒全基因組、基因功能注釋及遺傳進化的一鍵式分析，為深入了解病毒的和零號病人發(fā)現(xiàn)的基因遺傳特性，得到病毒的進化根源以及和其它病毒的關系。特別是在SARS-CoV-2廣泛傳播過程中，發(fā)生突變位點的檢測，構建病毒的傳播和進化關系上顯得尤為重要。


Ingenuity Pathway Analysis（IPA）

生物通路分析軟件方案Ingenuity Pathway Analysis（IPA）通過其自有的Ingenuity Knowledge Base（IKB）知識庫，為基因組、轉錄組、蛋白質組和代謝組提供更深刻的生物學洞見。
IPA可以在研究數(shù)據(jù)中通過建模，分析并理解復雜生物和化學系統(tǒng)。預測下游的效應，上游調控，發(fā)現(xiàn)分子間的因果關系。尋找潛在生物標志物，藥物靶點。探索COVID-19疾病的生物學機制和幫助新藥研發(fā)，藥物機理研究。通過IPA，對自己實驗獲得的數(shù)據(jù)洞察其中的生物學意義，也可將自己的數(shù)據(jù)和已經(jīng)公開發(fā)表的數(shù)據(jù)集進行匹配，比較驗證。
背景介紹

CLC Genomics Workbench

CLC Genomics Workbench 是一款生物信息學綜合分析軟件，可用于基因組學，轉錄組學和表觀遺傳組學的數(shù)據(jù)分析。支持MAC OS X，Windows和Linux平臺。軟件通過ISO 9001:2015認證，可分析和顯示所有主流測序儀產生的測序數(shù)據(jù)。友好而直觀的操作界面，只需要鼠標點擊就可以完成二代測序的相關分析，方便科研工作者將更多的時間投入研究領域。目前許多研究人員已在多個頂級期刊應用CLC發(fā)表關于新冠研究的論文，比如NEJM^[1], The Lancet^[2]等。

應用1：重測序分析——可用于新冠病毒序列研究

CLC Genomics Workbench支持用于高精度檢測和比較遺傳變異的完整重測序流程。包括最開始的QC，Read mapping和最后的Local realignment用來顯著提高精度和降低假陽性。檢測的變異主要涉及SNV，MNV 和InDels，并進行相關注釋，過濾和功能分析。除此之外，軟件還支持Genome Browser，可以將各個分析步驟的結果在同一界面進行可視化操作。
應用2：宏基因組——新冠病毒遺傳進化分析，功能注釋，組裝

CLC具有一套完整的微生物測序分析。以前收費的插件CLC Microbial Genomics Module和CLC Genome Finishing Module現(xiàn)在完全限時免費啦! 主要涉及微生物的種群鑒定MLST，抗生素耐藥性分析，宏基因組的拼接，注釋和比較分析，微生物種群分析（16S，18S和ITS擴增子分析，αβ多樣性分析等）。
應用3:RNA-seq——新冠病人轉錄組數(shù)據(jù)分析

RNA-seq的分析常用來檢測差異基因，CLC在進行數(shù)據(jù)的質控后，可計算基因和轉錄本的表達值，比如Total Counts, Unique Counts, TPM和RPKM，然后將統(tǒng)計結果進行可視化選項進行可視化：火山圖，熱圖，PCA圖和維恩圖等。


Ingenuity Pathway Analysis（IPA）

IPA搭建了Ingenuity Knowledge Base（IKB）知識庫。該數(shù)據(jù)庫自1998年起開始構建，著重收集生命科學、醫(yī)學各領域權威雜志全中文中的生物信息，目前含有近700萬條生物學知識，并與多個權威數(shù)據(jù)庫合作，綜合其他權威生物學知識，保證IPA軟件提供的每條信息都有高影響因子的文獻支持，從而提供正確詳盡的生物學數(shù)據(jù)分析解決方案。

目前SARS-CoV-2的研究重點已經(jīng)從病毒本身的檢測和臨床治療手段開發(fā)，轉移到致病機制的揭示和潛在治療靶點的尋找上，IPA兩個不同導向的解決方案助力SARS-CoV-2研究。
導向1：以問題為導向——My pathway構建

基于IPA的IKB知識庫，使用IPA查詢功能，避免耗時費力的人工文獻查閱篩選工作，加速新冠研究項目設計效率。研究人員可以快速找到SARS-CoV-2相關疾病的分子信息，并對其進行篩選；也可以尋找感興趣的分子之間的關系，構建互作網(wǎng)絡；還可以對網(wǎng)絡進行拓展，整合和美化。且無需我們提供任何實驗數(shù)據(jù)，可以為背景調研，項目開題提供強大的信息支持。
導向2：數(shù)據(jù)為導向——疾病功能、經(jīng)典信號通路，互作網(wǎng)絡，上游調控因果網(wǎng)絡等

IPA可以針對基因組學，蛋白組學或代謝組學實驗數(shù)據(jù)，進行一站式的數(shù)據(jù)分析和深度挖掘，其中包括疾病功能相關性分析，生物學下游效應分析，經(jīng)典通路相關性分析，通路活性效應預測，轉錄調控分析，轉錄因子互作分析，非經(jīng)典信號通路預測，互作網(wǎng)絡分析等等。所有分析結果均可提供原始文獻出處，所有結果均保證來源于高影響因子的文獻中的驗證實驗結果。幫助我們尋找可能的疾病標志物，藥物作用靶標，對于SARS-CoV-2的致病機理，和新藥研發(fā)提供強大助力！

IPA的一站式組學數(shù)據(jù)分析解讀方案，采用每周統(tǒng)一更新的背景知識庫。在大大提高分析效率的同時，也避免了傳統(tǒng)生物通路分析流程會出現(xiàn)的，在各個數(shù)據(jù)庫平臺間切換時，因軟件算法、背景數(shù)據(jù)庫質控標準或更新不一致引起的誤差。
 
活動須知

1、活動時間：即日起至6月15日
2、申請條件：
a)   科研院校PI發(fā)送關于軟件的試用申請（務必與新冠研究相關）
b)   關注康昱盛微信公眾號并轉發(fā)“史無前例！助力新冠， IPA & CLC軟件限時免費使用！！”本條微信至朋友圈，集齊11個贊，截圖。
將試用申請及朋友圈集贊截圖，發(fā)至marketing@cloudscientific.com。

收到您的申請后，我們將在一個工作日聯(lián)系您。
本活動最終解釋權歸于上海康昱盛信息科技有限公司和凱杰企業(yè)管理（上海）有限公司所有。

我們將在四月中旬舉辦“運用IPA軟件探究ACE2分子研究現(xiàn)狀、探尋相關基因表達和新冠相關疾病之間的網(wǎng)絡調控關系”的IPA免費在線講座，敬請關注！

參考文獻
[1] A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. NEJM, DOI: 10.1056/NEJMoa2001017
[2] Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. The Lancet, DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8

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