SBC第四季度單細胞及空間轉錄組測序培訓班通知

瀏覽次數(shù)：3629　發(fā)布日期：2021-10-26　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉載請注明出處

培訓通知 | SBC 2021年度四季度單細胞及空間轉錄組測序培訓班開課

從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，單細胞轉錄組測序和空間轉錄組測序技術正處于蓬勃發(fā)展期，在現(xiàn)有的高通量檢測技術領域為科學研究的發(fā)展提供了前所未有的技術支撐。單細胞轉錄組測序技術能夠提供每個細胞詳實的轉錄表達信息，但是缺失來源組織的空間組成信息�？臻g轉錄組測序技術的特點在于提供完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot信息無法達到單細胞分辨率（10個左右細胞）。因此，兩個技術的結合應用是必然的發(fā)展趨勢。

上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）（以下簡稱SBC）是國內最早一批搭建10x Genomics單細胞測序平臺及開發(fā)完善空間轉錄組測序技術并開展相關技術服務的公司之一。作為生物芯片上海國家工程研究中心的依托單位，在搭建先進技術平臺的同時，融入再次創(chuàng)新開發(fā)和應用，目前已為復旦大學、上海交通大學、同濟大學、上海中醫(yī)藥大學、中國科技大學、華東理工大學以及瑞金醫(yī)院、華山醫(yī)院、仁濟醫(yī)院、東方醫(yī)院、第十人民醫(yī)院、長征醫(yī)院、胸科醫(yī)院、肺科醫(yī)院等多家知名院校單位提供單細胞測序及空間測序技術服務，積累了豐富的單細胞懸液制備和空間組織優(yōu)化實驗經驗，包括較難處理的滑膜、軟骨、肝癌、人淋巴結等，同樣也積累了豐富的數(shù)據分析經驗。

2021年度SBC單細胞培訓課程進入四季度收尾階段，繼續(xù)帶您玩轉單細胞熱點研究。把握最新科研動態(tài)，多維度課程設置，關鍵點逐個擊破，助力您的科研之旅。誠摯邀請各位老師報名參加，培訓為小班制（限額20人，以匯款憑證為準，報滿截止）。

主辦單位：

上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）

上海市生物化學與分子生物學學會

培訓日期：2021年11月4日-11月5日

培訓地點：上海市浦東新區(qū)張江高科李冰路151號1號樓

課程安排

日期	時間	題目	主要內容
11月4日第一天	09:00-09:20	簽到、領取資料
	09:20-09:30	開課致辭
	09:30-10:30	單細胞測序及單細胞多組學研究策略及前沿進展	單細胞測序技術的發(fā)展； 10x Genomic單細胞測序原理；樣本準備注意事項及前沿應用介紹
	10:30-11:30	空間轉錄組測序研究進展及注意事項	空間轉錄組技術進展； 10x空間轉錄組測序平臺介紹；空間轉錄組測序樣本準備注意事項；空間轉錄組應用介紹
	11:30-12:30	午餐
	13:00-13:45	R語言基礎	基本概念：向量、數(shù)組和矩陣、函數(shù)；數(shù)據導入、編輯、數(shù)據結構轉換；文件圖表生成、導出
	13:45-14:30	R語言進階	統(tǒng)計檢驗，差異基因計算
	14:30-15:00	實驗室參觀、茶歇交流
	15:00-16:00	樣本準備及注意事項	單細胞樣本準備及常見問題，Demo實驗空間轉錄組樣本準備及常見問題，Demo實驗
	16:00-17:00	ggplot2作圖詳解	柱狀圖、餅圖、boxplot、小提琴圖、密度曲線圖，散點圖，差異基因可視化（火山圖）等
11月5日第二天	09:30-10:30	單細胞轉錄組數(shù)據分析介紹與上機實操	基于cell ranger 、Loupe
	10:30-11:15	單細胞轉錄組數(shù)據多樣本比較分析介紹與上機實操	基于Seurat包
	11:15-11:45	單細胞RNA測序數(shù)據的聚類工具比較介紹
	11:45-13:00	午餐
	13:00-14:20	空間轉錄組數(shù)據分析介紹與上機實操	基于space ranger、Loupe
	14:20-15:00	單細胞擬時序分析	1、Monocle的原理算法介紹； 2、高分文章案例數(shù)據集作圖：擬時序分析等
	15:00-15:10	茶歇交流
	15:10-15:50	scanpy進行單細胞數(shù)據分析	基于 Python 分析單細胞數(shù)據：預處理，可視化，聚類，擬時序分析和差異表達分析等
	15:50-16:20	細胞類型注釋	SingleR的分析使用和庫的整理解讀
	16:20-16:30	頒發(fā)培訓證書