小白:新課題確定了,導師想要我研究 XXX 關于 XXX 的疾病的研究,在選產品呢,蛋白,抑制劑,一一搜索 ing…
小 M:你是怎么選的?
小白:比如 EGFR, 在官網搜索框點擊 EGFR, 進入靶點, 勾選類別,選擇排名在前的產品仔細研究。
小M:方法是個好方法,還有更便捷的方式 -- 基因作用數據庫。
小白:???這是個什么數據庫~
小M:這個數據庫基于海量熱門基因,整合了來自 HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee),NCBI (national center for biotechnology information),Ensembl (Ensembl genome browser 107),OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man),和 Gene Cards 等各大權威數據中心,混合與多類型數據庫的交互方式。同時,數據庫也配套提供了關聯(lián)疾病及化合物庫。
下面一起看看具體功能吧!
■ Quick Search 功能
通過 Search 基因名或基因符號,就可以看到該基因在不同物種下的所有名目。還是以 EGFR 為例,檢索后可以一覽該基因所屬的信號通路、同源信息,以及組織表達情況。
■ Flexible Browse 功能
點擊特定基因,進入到詳情頁面。各個模塊集中展示了研究工作中重點關注信息?梢愿鶕基因-蛋白-疾病-產品的順序,或點擊上方的浮動工具欄,按需獲取基礎信息。
例如蛋白模塊,下方列出了多種蛋白名稱用法,來源于已有研究/出版刊物的使用記錄。高頻率名稱將推薦為主名。
小白:是很方便,但我還有個疑問,比如我就想選擇一個 EGFR 重組蛋白,下面列出這么多,我該怎么判斷?
小M:下方列出的重組蛋白可用直接從名稱上知悉一二。
例如紅色框的內容表明它是重組 EGFR 蛋白,綠色框表明來源物種,藍色框則說明了蛋白長度、表達體系、融合標簽、以及是否生物素化。“蛋白編號” 列關聯(lián)了 Uniprot 這個蛋白資源寶庫,有更多好奇心的童鞋可以再探索更多信息~
(2) 常見的表達體系有 E.coli、CHO、Sf9、赤畢酵母等。
E.coli 適用于原核來源或無需翻譯后修飾的真核蛋白。CHO 是哺乳動物細胞,具有表達穩(wěn)定、蛋白修飾準確的優(yōu)點。Sf9 昆蟲細胞則是桿狀病毒常用的表達宿主。赤畢酵母是甲醇營養(yǎng)酵母,可提取高純度重組蛋白。最后,應根據具體情況選擇合適的表達系統(tǒng)。
(3) 融合標簽是免疫分析的重要幫手,一般可增強蛋白可溶性、屏蔽毒性蛋白。應選擇大小合適的標簽用于后續(xù)實驗。
(4) 生物素化不干擾分子固有功能,可特異性結合鏈霉親和素或抗生物素蛋白,增加實驗設定。
小白:聽起來好像有了些課題靈感。那么小分子抑制劑呢?人源鼠源都是EGFR,下面這些都是有用的產品?
小M:一般情況下,小分子藥物不區(qū)分種屬 (但是也要多看文獻!) 下面的 “關聯(lián)產品” 模塊按臨床階段分類,并進一步細分為生物活性分子及抗體抑制劑 (需要注意種屬)。
1. 示例產品與 MCE 的產品目錄直接交互,點擊 可以跳轉產品詳情頁,了解試劑的更多生物信息。詳情頁還提供有體內外的實驗示例哦,附有實驗條件和設定結果,小白你就不用為新產品入手太發(fā)愁了。
2. MCE 基因作用數據庫套用了 MedChemExpress (MCE) 專有罕見病產品庫,幫助你進一步選取研究重心、開拓課題版圖。
3. 對于臨床中的產品,還詳盡展示了對應的具體臨床階段