Illumina文庫產(chǎn)品申請(qǐng)?jiān)囉�，更可獲因美納品牌提示物

瀏覽次數(shù)：23677　發(fā)布日期：2023-12-6　來源：Illumina因美納公眾號(hào)

新型RNA文庫制備試劑盒具有簡(jiǎn)化的工作流程
Motoshige Yasuike，日本漁業(yè)研究教育廳（FRA）漁業(yè)資源研究所

Motoshige Yasuike博士和實(shí)驗(yàn)室助理Erika Fukaya女士在NextSeq™ 500測(cè)序儀前合照

2020年6月，因美納推出了三款新的RNA文庫制備試劑盒。Motoshige Yasuike博士的團(tuán)隊(duì)——日本漁業(yè)研究教育廳（FRA）漁業(yè)資源研究所漁業(yè)資源評(píng)估中心生物信息學(xué)和生物科學(xué)部分子功能分析小組，使用了Illumina Stranded mRNA Prep，Ligation，該試劑盒提供了更快、成本更低的文庫制備工作流程，可以實(shí)現(xiàn)更快、起始量更低的樣本分析。我們向Yasuike博士詢問了選擇該試劑盒的決定性因素以及他的用戶體驗(yàn)。

我們主要進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，整理重要漁業(yè)生物的基因組信息，從分子水平上了解它們的各種生理現(xiàn)象。日本擁有世界上最好的漁場(chǎng)，漁業(yè)產(chǎn)品種類繁多。因此，我們的目標(biāo)物種非常廣泛，不僅包括魚類，還包括魷魚等頭足綱動(dòng)物、日本虎蝦等甲殼綱動(dòng)物、紫菜和裙帶菜等海藻以及用于珍珠養(yǎng)殖的珍珠貝。我們使用這種適用于所有此類非模式生物的試劑盒進(jìn)行基因分類和表達(dá)圖譜分析（mRNA-Seq）。

之前我們使用的是TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit。與傳統(tǒng)產(chǎn)品（TruSeq）相比，這款新產(chǎn)品的宣傳特點(diǎn)為：

推薦的最小總RNA量從100 ng更改為25 ng，擴(kuò)大了可分析樣本的范圍
并且工作時(shí)間縮短了近40%

因此，該產(chǎn)品一經(jīng)發(fā)布，我們就立即改用了它。

實(shí)際上是我們的實(shí)驗(yàn)室助理進(jìn)行了實(shí)驗(yàn)。由于她有一個(gè)正在上小學(xué)低年級(jí)的孩子，所以她通常每天工作6個(gè)小時(shí)（8:30到15:30）。當(dāng)我們使用傳統(tǒng)的TruSeq時(shí)，制備文庫需要3天時(shí)間，但使用這種新產(chǎn)品時(shí)，即使算上緩沖時(shí)間，我們也可以在2天或更短時(shí)間內(nèi)完成文庫制備。因此，我們現(xiàn)在可以處理比以前更多的樣本。說實(shí)話，我們的實(shí)驗(yàn)室助理在分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)方面毫無經(jīng)驗(yàn)。但是，使用這款簡(jiǎn)化了工作流程的新產(chǎn)品后，她從第二次實(shí)驗(yàn)開始就能獨(dú)自操作，并能獲得穩(wěn)定的結(jié)果。我認(rèn)為，無論誰來做實(shí)驗(yàn)，都能獲得穩(wěn)定的結(jié)果，這在提高數(shù)據(jù)可靠性方面是一大優(yōu)勢(shì)。

未來，我們不僅計(jì)劃對(duì)實(shí)驗(yàn)室中現(xiàn)存的漁業(yè)生物進(jìn)行RNA-Seq分析，還計(jì)劃對(duì)從海洋和河流中采集的各種物種的天然樣本進(jìn)行RNA-Seq分析。其中，有些物種只能采集到極少量的組織。如果能夠使用微量的總RNA樣本（例如1 ng）進(jìn)行分析，那么分析靶標(biāo)的范圍將大大擴(kuò)展。此外，天然樣本在船上難以進(jìn)行解剖，其中一些可能保存不善。然而，這些可能是再也無法采集到的珍貴樣本。因此，我們希望因美納能開發(fā)出一種試劑盒，即使利用已經(jīng)部分降解的非模式生物RNA，也能高效地制備文庫。