因美納NovaSeq™ X Plus RNA-Seq測(cè)序應(yīng)用說(shuō)明發(fā)布
多組學(xué)提供了一種綜合方法，可幫助我們?cè)诙鄠�(gè)生物學(xué)層面不斷探索，獲得新發(fā)現(xiàn)。通過(guò)將基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀遺傳學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)相結(jié)合，研究人員可以更全面地了解正常發(fā)育、細(xì)胞反應(yīng)和疾病相關(guān)的分子變化，而轉(zhuǎn)錄組學(xué)往往是多組學(xué)整合中必不可少的一環(huán)：
轉(zhuǎn)錄組學(xué)+基因組學(xué)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)+表觀遺傳學(xué)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)+蛋白質(zhì)組學(xué)
超高的通量和準(zhǔn)確性
NovaSeq™ X系列為生產(chǎn)規(guī)模的RNA-Seq或多組學(xué)研究等數(shù)據(jù)密集型應(yīng)用提供了超高的通量和準(zhǔn)確性。三種流動(dòng)槽類(lèi)型支持多種運(yùn)行配置，提高了靈活性和可擴(kuò)展性。NovaSeq™ X系列試劑盒中的XLEAP-SBS試劑在性能和速度方面經(jīng)過(guò)了優(yōu)化，可在不犧牲數(shù)據(jù)質(zhì)量的情況下大幅提高通量。與NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀相比，NovaSeq™ X系列能以更短的運(yùn)行時(shí)間顯著提高通量（表1）：
表1：測(cè)序輸出量相當(dāng)，運(yùn)行時(shí)間顯著縮短
進(jìn)一步改善測(cè)序指標(biāo)
除了測(cè)序時(shí)長(zhǎng)的縮短之外，NovaSeq™ X Plus基因測(cè)序儀在測(cè)序的質(zhì)量上也通過(guò)定制的暗循環(huán)方案，減少了測(cè)序過(guò)程中出現(xiàn)首堿基T懸垂（RNA文庫(kù)制備過(guò)程中連接測(cè)序接頭時(shí)產(chǎn)生的副產(chǎn)物）的情況，從而進(jìn)一步改善了測(cè)序指標(biāo)。在下面的表格中，我們比較了常用的四款測(cè)序試劑盒（NovaSeq™ X Plus 1.5B、10B、25B測(cè)序試劑盒300循環(huán)包裝和NovaSeq 6000 S4測(cè)序試劑盒200循環(huán)包裝）在RNA-Seq測(cè)序中的常見(jiàn)運(yùn)行指標(biāo)（表2）：
表2：總RNA-Seq 的測(cè)序運(yùn)行指標(biāo)
以上結(jié)果表明，在NovaSeq™ X Plus基因測(cè)序儀上生成的總RNA-Seq數(shù)據(jù)超出了已公布的數(shù)據(jù)質(zhì)量規(guī)范，也優(yōu)于使用NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀生成的結(jié)果。
隨后我們將所有樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)取10M read，使用DRAGEN™ RNA pipeline v4.0.4版本比較了基因表達(dá)數(shù)據(jù)，并將數(shù)據(jù)與基因組參考序列聯(lián)盟的人類(lèi)標(biāo)準(zhǔn)基因 GRCh38 （hg38 組裝序列）進(jìn)行了比對(duì)。結(jié)果表明，對(duì)于所有NovaSeq™ X系列流動(dòng)槽中的總RNA-Seq，兩個(gè)平臺(tái)的測(cè)序比對(duì)指標(biāo)（包括重復(fù)率、已定位 read 百分比和唯一 read百分比）顯示出出色的一致性（R2>0.99）（圖3和圖4）。同樣，融合檢出數(shù)據(jù)在兩個(gè)平臺(tái)上也都表現(xiàn)出色（圖5）。這些結(jié)果表明，在NovaSeq™ X系列上進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序產(chǎn)生的數(shù)據(jù)質(zhì)量達(dá)到或超過(guò)了NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀的性能。
圖3：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀之間的RNA-Seq數(shù)據(jù)一致性——測(cè)序數(shù)據(jù)顯示，在所有NovaSeq™ X系列流動(dòng)槽和所評(píng)估樣本（HL60、KS62 和MCF7，多次運(yùn)行）的總RNA-Seq中，兩個(gè)平臺(tái)之間的一致性非常好，R2> 0.99。
圖4：NovaSeq™ X Plus 和NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀上的RNA-Seq比對(duì)指標(biāo)——包括重復(fù)率、已定位read百分比和唯一read 百分比在內(nèi)的測(cè)序比對(duì)指標(biāo)顯示，兩個(gè)平臺(tái)之間具有出色的一致性（在所有NovaSeq X系列流動(dòng)槽和所評(píng)估樣本（HL60、KS62和MCF7）中，總RNA-Seq的R2> 0.99）。
圖5：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀之間的融合檢出數(shù)據(jù)一致性——對(duì)于不同的流動(dòng)槽，兩種平臺(tái)上的融合檢出數(shù)據(jù)均表現(xiàn)出色。
總結(jié)
NovaSeq X系列的RNA-Seq提供了簡(jiǎn)化的從RNA到結(jié)果的工作流程，集強(qiáng)大功能、速度和靈活性于一身，可實(shí)現(xiàn)高通量轉(zhuǎn)錄組分析。將 NovaSeq X Plus基因測(cè)序儀的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)與使用NovaSeq 6000基因測(cè)序儀生成的數(shù)據(jù)進(jìn)行了直接比較。
結(jié)果表明，對(duì)于 NovaSeq X Plus 基因測(cè)序儀的所有三種流動(dòng)槽配置，NovaSeq X系列的性能均達(dá)到或優(yōu)于 NovaSeq 6000基因測(cè)序儀的性能，為從基因表達(dá)分析到全轉(zhuǎn)錄組發(fā)現(xiàn)研究的各種 RNA-Seq項(xiàng)目提供了可擴(kuò)展性。NovaSeq X系列的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析可與其他組學(xué)研究相結(jié)合，從而獲得深入的生物學(xué)見(jiàn)解。
使用NovaSeq™ X系列進(jìn)行 RNA-Seq測(cè)序
僅供研究使用，不得用于診斷。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)+基因組學(xué)
對(duì)全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）中發(fā)現(xiàn)的變異進(jìn)行注釋和優(yōu)先排序，以了解疾病機(jī)制。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)+表觀遺傳學(xué)
研究基因調(diào)控與基因表達(dá)之間的聯(lián)系，以了解控制目標(biāo)表型的機(jī)制。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)+蛋白質(zhì)組學(xué)
同時(shí)定量 RNA 和蛋白質(zhì)表達(dá)，全面了解細(xì)胞功能和活動(dòng)。
超高的通量和準(zhǔn)確性
NovaSeq™ X系列為生產(chǎn)規(guī)模的RNA-Seq或多組學(xué)研究等數(shù)據(jù)密集型應(yīng)用提供了超高的通量和準(zhǔn)確性。三種流動(dòng)槽類(lèi)型支持多種運(yùn)行配置，提高了靈活性和可擴(kuò)展性。NovaSeq™ X系列試劑盒中的XLEAP-SBS試劑在性能和速度方面經(jīng)過(guò)了優(yōu)化，可在不犧牲數(shù)據(jù)質(zhì)量的情況下大幅提高通量。與NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀相比，NovaSeq™ X系列能以更短的運(yùn)行時(shí)間顯著提高通量（表1）：
進(jìn)一步改善測(cè)序指標(biāo)
除了測(cè)序時(shí)長(zhǎng)的縮短之外，NovaSeq™ X Plus基因測(cè)序儀在測(cè)序的質(zhì)量上也通過(guò)定制的暗循環(huán)方案，減少了測(cè)序過(guò)程中出現(xiàn)首堿基T懸垂（RNA文庫(kù)制備過(guò)程中連接測(cè)序接頭時(shí)產(chǎn)生的副產(chǎn)物）的情況，從而進(jìn)一步改善了測(cè)序指標(biāo)。在下面的表格中，我們比較了常用的四款測(cè)序試劑盒（NovaSeq™ X Plus 1.5B、10B、25B測(cè)序試劑盒300循環(huán)包裝和NovaSeq 6000 S4測(cè)序試劑盒200循環(huán)包裝）在RNA-Seq測(cè)序中的常見(jiàn)運(yùn)行指標(biāo)（表2）：
以上結(jié)果表明，在NovaSeq™ X Plus基因測(cè)序儀上生成的總RNA-Seq數(shù)據(jù)超出了已公布的數(shù)據(jù)質(zhì)量規(guī)范，也優(yōu)于使用NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀生成的結(jié)果。
隨后我們將所有樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)取10M read，使用DRAGEN™ RNA pipeline v4.0.4版本比較了基因表達(dá)數(shù)據(jù)，并將數(shù)據(jù)與基因組參考序列聯(lián)盟的人類(lèi)標(biāo)準(zhǔn)基因 GRCh38 （hg38 組裝序列）進(jìn)行了比對(duì)。結(jié)果表明，對(duì)于所有NovaSeq™ X系列流動(dòng)槽中的總RNA-Seq，兩個(gè)平臺(tái)的測(cè)序比對(duì)指標(biāo)（包括重復(fù)率、已定位 read 百分比和唯一 read百分比）顯示出出色的一致性（R2>0.99）（圖3和圖4）。同樣，融合檢出數(shù)據(jù)在兩個(gè)平臺(tái)上也都表現(xiàn)出色（圖5）。這些結(jié)果表明，在NovaSeq™ X系列上進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序產(chǎn)生的數(shù)據(jù)質(zhì)量達(dá)到或超過(guò)了NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀的性能。
圖3：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀之間的RNA-Seq數(shù)據(jù)一致性——測(cè)序數(shù)據(jù)顯示，在所有NovaSeq™ X系列流動(dòng)槽和所評(píng)估樣本（HL60、KS62 和MCF7，多次運(yùn)行）的總RNA-Seq中，兩個(gè)平臺(tái)之間的一致性非常好，R2> 0.99。
圖4：NovaSeq™ X Plus 和NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀上的RNA-Seq比對(duì)指標(biāo)——包括重復(fù)率、已定位read百分比和唯一read 百分比在內(nèi)的測(cè)序比對(duì)指標(biāo)顯示，兩個(gè)平臺(tái)之間具有出色的一致性（在所有NovaSeq X系列流動(dòng)槽和所評(píng)估樣本（HL60、KS62和MCF7）中，總RNA-Seq的R2> 0.99）。
圖5：NovaSeq™ X Plus和NovaSeq™ 6000基因測(cè)序儀之間的融合檢出數(shù)據(jù)一致性——對(duì)于不同的流動(dòng)槽，兩種平臺(tái)上的融合檢出數(shù)據(jù)均表現(xiàn)出色。
總結(jié)
NovaSeq X系列的RNA-Seq提供了簡(jiǎn)化的從RNA到結(jié)果的工作流程，集強(qiáng)大功能、速度和靈活性于一身，可實(shí)現(xiàn)高通量轉(zhuǎn)錄組分析。將 NovaSeq X Plus基因測(cè)序儀的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)與使用NovaSeq 6000基因測(cè)序儀生成的數(shù)據(jù)進(jìn)行了直接比較。
結(jié)果表明，對(duì)于 NovaSeq X Plus 基因測(cè)序儀的所有三種流動(dòng)槽配置，NovaSeq X系列的性能均達(dá)到或優(yōu)于 NovaSeq 6000基因測(cè)序儀的性能，為從基因表達(dá)分析到全轉(zhuǎn)錄組發(fā)現(xiàn)研究的各種 RNA-Seq項(xiàng)目提供了可擴(kuò)展性。NovaSeq X系列的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析可與其他組學(xué)研究相結(jié)合，從而獲得深入的生物學(xué)見(jiàn)解。
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使用NovaSeq™ X系列進(jìn)行 RNA-Seq測(cè)序
使用NovaSeq™ X系列實(shí)現(xiàn)高度準(zhǔn)確的新一代測(cè)序
僅供研究使用，不得用于診斷。
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