產(chǎn)品簡介

從新鮮樣本到FFPE樣本，空間轉(zhuǎn)錄組測序已經(jīng)把可用有意義的臨床樣本最大程度地利用到疾病的研究中。然而，在實(shí)際的實(shí)驗(yàn)過程中，新鮮包埋樣本或者FFPE樣本的一些本身問題和技術(shù)平臺的限制，導(dǎo)致我們理想中的空間轉(zhuǎn)錄組測序并不是一帆風(fēng)順。
 

之前的Visium新鮮樣本實(shí)驗(yàn)需要對術(shù)后的樣本進(jìn)行及時(shí)冰凍包埋，且組織截面積大小不能超過6.5*6.5mm的芯片規(guī)格，對冰凍樣本的RNA質(zhì)檢結(jié)果需要達(dá)到RIN值7以上。同時(shí)，該實(shí)驗(yàn)需要一次性同時(shí)做4個(gè)矩陣，即需滿足4個(gè)樣本切片，樣本質(zhì)檢的透化預(yù)實(shí)驗(yàn)時(shí)間還需比較接近。

之前的VisiumﾠFFPE實(shí)驗(yàn)需要將石蠟樣本進(jìn)行切片，貼片到Visium芯片并經(jīng)過質(zhì)檢及粘附性測試后，才能進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)，對樣本質(zhì)量要求較高。在實(shí)驗(yàn)中經(jīng)常會面臨以下問題：（1）無法轉(zhuǎn)移已經(jīng)貼片到普通玻片的稀有樣品；（2）無法只針對感興趣的區(qū)域進(jìn)行分析；（3）6.5*6.5mm的芯片規(guī)格無法一次性對大面積的組織進(jìn)行分析；（4）石蠟樣本保存時(shí)間過長，質(zhì)檢不合格或切片過少，不滿足粘附性測試；（5）石蠟樣本不允許帶出醫(yī)院等。
 

針對上述問題，10xﾠGenomics推出了全新的VisiumﾠCytAssist空間轉(zhuǎn)錄組，能夠直接將新鮮冰凍樣本、FFPE組織切片上的轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)分析物從標(biāo)準(zhǔn)的組織學(xué)載玻片轉(zhuǎn)移到Visium玻片上，無需進(jìn)行多次切片貼片及粘附性測試實(shí)驗(yàn)，極大的簡化了樣本的處理。

產(chǎn)品特點(diǎn)

1、兼容樣本類型更豐富：適用于新鮮樣本、普通石蠟塊組織、存檔的玻片樣本、已經(jīng)通過H&E染色或者免疫熒光染色貼在普通玻片上的樣本等；
2、簡化樣本處理：直接將轉(zhuǎn)錄組分析物從標(biāo)準(zhǔn)載玻片轉(zhuǎn)移到Visium玻片的捕獲區(qū)域；

3、樣本質(zhì)量要求降低：DV200 > 30% 即可進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)；
4、高靈敏度：獨(dú)特的RTL探針設(shè)計(jì)，每個(gè)基因設(shè)置1~3對捕獲探針，高特異性、高靈敏地捕獲所有基因；

5、芯片配置更靈活：兼具 6.5*6.5 mm和 11*11 mm兩種規(guī)格，較大組織也可一次性完成檢測，適用于更多組織類型；
6、獲得更多的空間見解：通過標(biāo)準(zhǔn)的組織學(xué)技術(shù)預(yù)先篩選組織切片，選擇出最有生物學(xué)意義的切片；

7、縮短實(shí)驗(yàn)周期：使用CytAssist專用玻片和試劑，每次運(yùn)行可從最多兩張F(tuán)FPE組織切片中精確捕獲分析物，而時(shí)間不到一小時(shí)；
8、多組學(xué)分析：提供商業(yè)化的35種蛋白組合試劑盒，可以對同一FFPE樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)的同時(shí)分析，對基因表達(dá)檢測的同時(shí)檢測幾十種蛋白。

Visium空間轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)流程及捕獲芯片設(shè)計(jì)（新鮮組織）

CytAssist空間轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)流程

在VisiumﾠCytAssist流程中，切片、脫蠟以及染色和成像（H&E或IF）的步驟是在標(biāo)準(zhǔn)載玻片上進(jìn)行的。在探針雜交后，將兩張標(biāo)準(zhǔn)載玻片和一張含兩個(gè)捕獲區(qū)域的Visium玻片放入CytA ssist儀器中，讓標(biāo)準(zhǔn)載玻片上的組織切片與兩個(gè)Visium捕獲區(qū)域的頂部對齊，并通過VisiumﾠCytAssist儀器捕捉明場圖像，確定感興趣的病理區(qū)域；接著，運(yùn)行Visium CytAssist儀器將普通玻片組織切片上選定目標(biāo)區(qū)域的探針原位轉(zhuǎn)移到Visium捕獲區(qū)，Visium捕獲區(qū)域通過帶有不同位置標(biāo)簽的探針捕獲轉(zhuǎn)錄組信息（探針釋放和捕獲），從而獲取石蠟切片不同空間位置的轉(zhuǎn)錄表達(dá)水平。其余步驟（從探針延伸開始）按照Visium FFPE標(biāo)準(zhǔn)流程在儀器外進(jìn)行。

CytAssist空間轉(zhuǎn)錄組設(shè)計(jì)了兩種規(guī)格的捕獲芯片，分別為大小為6.5*6.5mm以及11*11mm的捕獲點(diǎn)陣。每個(gè)點(diǎn)陣上包含有55μm直徑，間距100μm的攜帶空間Barcodes和UMI，Poly(dT)的探針群。每張芯片可同時(shí)進(jìn)行2張組織切片的檢測。

CytAssist空間轉(zhuǎn)錄組測序捕獲芯片設(shè)計(jì)

常規(guī) Visium vs C ytAssist

研究領(lǐng)域

空間轉(zhuǎn)錄組一站式解決方案

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析流程

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析展示-基礎(chǔ)分析

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析展示-高級分析

· Spatial PCA：增加空間聚類準(zhǔn)確性

SpatialﾠPCA是一種空間的降維方法，建立在PCA的基礎(chǔ)上，將定位信息作為額外的輸入，并使用核矩陣來明確地模擬不同組織位置的空間相關(guān)結(jié)構(gòu)。

Spatial PCA 空間聚類結(jié)果
 

· Bay esSpace：增加空間分辨率

BayesSpace，一種完全貝葉斯統(tǒng)計(jì)方法，通過使用來自空間鄰域的信息來增強(qiáng)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進(jìn)行聚類分析，能夠有效識別具有相似表達(dá)譜的空間簇以及提高空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分辨率。

BayesSpace 空間聚類結(jié)果

· CellTrek：根據(jù)scRNA-seq和ST數(shù)據(jù)直接將單個(gè)細(xì)胞映射到組織切片的空間坐標(biāo)

CellTrek:單細(xì)胞空間聯(lián)合分析結(jié)果

· Cell2location：將單個(gè)細(xì)胞參考細(xì)胞類型映射到空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集

不同細(xì)胞類型空間分布圖及細(xì)胞空間分布總圖

· SPOTlight：識別每個(gè)spot中的細(xì)胞類型和比例

不同細(xì)胞類型空間分布圖及細(xì)胞空間分布總圖

官方測試數(shù)據(jù)

· 更高的檢測深度

使用CytAssist的組織測序數(shù)據(jù)的利用率更高，獲得更多的差異表達(dá)基因數(shù)量，從而獲取更多有意義的信息。

Direct placement 和CytAssist-enabled處理的人組織的指標(biāo)的比較

人類卵巢癌組織（A）與人腦組織（B）的差異基因分析

· 更高的覆蓋率（更多的轉(zhuǎn)錄組被探針集覆蓋）和靈敏度

對于人類卵巢癌，CytAssist的數(shù)據(jù)顯示了更高的敏感性和覆蓋率，同時(shí)保持了可比性的整體空間組織。

Direct placement (top) 和 CytAssist enabled (bottom)分析的人卵巢癌基因表達(dá)的對比

· 更明確的空間聚類結(jié)果

更高的測序深度CytAssist處理的小鼠脾組織具有更明確的空間聚類，個(gè)體標(biāo)記物分布更清晰。

小鼠脾組織顯微鏡圖像（left）和空間聚類圖；Direct placement (top) ；CytAssist enabled (bottom)

· 適用于多個(gè)領(lǐng)域的研究

輔助識別免疫細(xì)胞以及神經(jīng)細(xì)胞群等，適用于多領(lǐng)域研究。

免疫細(xì)胞群

神經(jīng)細(xì)胞群