熒光定量PCR儀主要有傳統(tǒng)的96孔板式、創(chuàng)新的離心式等，每種設(shè)計(jì)都有它的獨(dú)到之處但也都有無(wú)法避免的缺憾。
  傳統(tǒng)的96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大，而且無(wú)需特殊的耗材。有些傳統(tǒng)的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發(fā)、CCD檢測(cè)，這些光學(xué)結(jié)構(gòu)在96孔板的頂部，每個(gè)樣品孔距光源和檢測(cè)器的光程各不相同——邊緣效應(yīng)，對(duì)結(jié)果產(chǎn)生影響。為了保證精確、準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，這類儀器在實(shí)驗(yàn)過程中通常會(huì)使用ROX（一種熒光染料）或?qū)Ｓ玫?/SPAN>Reference dye作為參照校正實(shí)驗(yàn)結(jié)果。鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經(jīng)成為很多用戶頭痛的問題。在實(shí)驗(yàn)過程中鹵鎢燈作為一種熱光源，產(chǎn)生較多熱能對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果有一定的影響。CCD最大的優(yōu)點(diǎn)就是可以同時(shí)掃描所有樣品中的熒光信號(hào)，但是靈敏度較低，而且同時(shí)檢測(cè)樣品間的熒光信號(hào)存在干擾。像ABI、Bio-rad 公司生產(chǎn)的熒光定量PCR就屬于這一種。但Bio-rad的IQ系列熒光定量PCR帶有梯度功能。

   創(chuàng)新的離心式的儀器通常選用LED激發(fā)、PMT檢測(cè)，離心式的設(shè)計(jì)上避免了邊緣效應(yīng)。LED光源是冷光源對(duì)實(shí)驗(yàn) 沒有影響，因此無(wú)需采用其他熒光染料校正儀器，而且使用壽命長(zhǎng)無(wú)需經(jīng)常更換。PMT每次只能收集單個(gè)熒光信號(hào)，但是檢測(cè)靈敏度高。但這類儀器運(yùn)行速度非�？�，但也存在樣本量小、耗材昂貴、沒有梯度功能、存在時(shí)間積分等缺點(diǎn)。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均為這一類儀器。

  隨著熒光定量PCR技術(shù)的使用，聰明的儀器生產(chǎn)商紛紛在傳統(tǒng)的96孔板儀器上大作改進(jìn)。首先是Stratagene的Mx3000p在檢測(cè)上突破了使用CCD改用PMT檢測(cè)熒光信號(hào)，大大提高了實(shí)驗(yàn)的靈敏度，但激發(fā)光源仍然沿用傳統(tǒng)的鹵鎢燈并且沒有梯度功能。Eppendorf 公司推出的Mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的熒光定量PCR儀，使用了96個(gè)LED為激發(fā)光源，采用先進(jìn)的CPM（第二代PMT）及96合一光纖為檢測(cè)系統(tǒng)，不但避免了邊緣效應(yīng)還保證所有樣品間的熒光信號(hào)沒有干擾。