基于將單個N-α保護氨基酸反復加到生長的氨基成份上，合成一步步地進行， 通常從抗原肽鏈的C端氨基酸開始，接著的單個氨基酸的連接通過用DCC，混合炭酐， 或N-carboxy酐方法實現(xiàn)。Carbodiimide方法包括用DCC做連接劑連接N-和C-保護氨基酸。重要的是， 這種連接試劑促接N保護氨基酸自己炭基和C保護氨基酸自由氨基間的縮水，形成肽鏈， 同時產(chǎn)出N，N?/FONT>-dyaylcohercylurea副產(chǎn)物。 然而， 此方法因其導致消旋的副反應，或在強堿存在時形成5(4H)-oxaylones和N-acylurea而受到影響。慶幸地是， 這些副反應能最小化，如果還不能完全消除。方法是加入象HoSu或HoBT這樣的連接催化劑， 此外，此方法也可用于合成N保護氨基酸的活性酯衍生物。依次產(chǎn)生的活性酯將自發(fā)與任何別的C保護氨基酸或肽反應形成新的肽。

當從副產(chǎn)品, diaydohexylurea分離活性酯有困難時，可用混合Carbonic酐方法， 此方法由兩步組成，第一步是在有tertiary堿的有機溶劑中用適當?shù)孽；�氯激活Nx保護氨基酸的炭基，第二步是讓肽或氨基酸的自由氨基與Carbonic酐反應。Carbonic酐通常加到自由氨基的14倍。

雖然此方法在低溫時高效高產(chǎn)，產(chǎn)品純， 但也有其缺點， 例如，由羰基的強激活酐衍生物有消旋傾向。然而此問題在使用Nx-α-Urethane保護基（Cb2, 或tBoc）時便不會發(fā)生。進一步： 由于高反應性， 混合Carbonic酐 傾向5(4H)-oxagolomes, Urerbanes diacyimide, 酯的形成， 并易失調。

促進這些副反應的條件是高溫，延長激活時間（即，混合酐形成后， 加到alkylchlorocarbonate和amine成份的時間，amine組成的空間占位，平共處和混合酐的不完整形成。大多這些副反應， 除形成啞唑酮和脲烷外，可通過低溫進行反應（~-15℃），大為減少，并且縮短活化時間（~1-2分鐘）。為了使啞唑酮和尿烷形成最少，要實行如下措施：1）必要性須用無水有機溶劑，乙酸，四氫 喃，t-butand, 或acetonitrile; 2） 應使用tertiary堿和N-methglmorpholine；3） 必須用C b2或tBoc N- α保護氨基酸。

雖然用isobutyl-和ethylchlorocarbonate常用來形成羰酐， 但確有別的連接試劑，例如，EEQD和IIQD用來與CarboxaP成份反應形成erhyl-或isobutyl carbonate衍生物。 不同于傳統(tǒng)酐程序，EEQD和IIQD不要求堿，也不要求低溫，通常要求一種有機溶劑（有許多也用）中0.1-0.4M濃度的等摩爾量的羰和氨成份。之后EEQD或IIQD多加5-10%, 溫合液室溫攪拌15-24小時。真空除去溶劑后，殘留物溶于乙酸， 用1NHaHCO3 , 10% 枸橡酸和鹽水洗劑，之后用無水Na2So4干燥，蒸發(fā)，產(chǎn)品可以重晶結或層析純化。

抗原肽液相反應特點

大多數(shù)的經(jīng)典化學反應都是在溶液中進行的。 因此，
　　(1)在溶液相合成中，可以使用先前所有的有機合成方法而沒有任何的限制； 
　　(2)反應物均一混合并且快速移動使得反應機會增加；
　　(3)在加熱反應的例子中，熱能通過溶液中的分子分散而被均勻轉移；
　　(4)大量反應可以通過控制反應釜的大小和反應物的數(shù)量而實現(xiàn)； 
　　(5)可以在每個步驟提純并且分析反應化合物。

但是，也有一些缺點，
　　(1)在反應完成之后，需要的化合物和副產(chǎn)物都一起在反應混合物中，需要溶液化學中的分離步驟。 
　　(2)如果使用過量試劑以獲得高產(chǎn)量，需要提純試劑。 
　　(3)如果起始物質或副產(chǎn)物(或需要的化合物)易揮發(fā)或沉淀，那就容易多了，可是，如果這些不發(fā)生，就需要一個比較困難的后處理工作-萃取或色譜。 因此，后處理過程通常需要更多的時間和精力勝于反應過程。 
　　(4)自動化溶液相合成由于提純程序的復雜化而非常困難，因而難以實現(xiàn)。