Discovery Studio 2020相較于Discovery Studio 2019進行了一系列產(chǎn)品性能的提高和新功能的增加，這些功能進一步擴展了研究的熱點領域，例如添加顯式膜結構的跨膜蛋白分子動力學研究和抗體成藥性評價等。

新功能涉及分子動力學(Simulation)、藥效團模型(Pharmacophores)、蛋白處理(Macromolecules)、抗體設計(Antibody)、分子對接(Receptor-Ligand Interactions)和毒性預測(TOPKAT)并進行更新和改進。

分子動力學

Simulation

▶ 新增Multi-Site Lambda Dynamics method (MSLD)：用于計算大型類屬庫分子的相對結合自由能，更好地進行先導化合物的篩選優(yōu)化；

圖1：通過MSLD方法計算組合庫中分子的相對結合自由能

▶ 新增顯式膜結構的跨膜蛋白的分子動力學計算。提供多種類型的磷脂膜結構，同時支持自定義膜類型；

圖2：在POPC顯式膜內溶劑化的hERG離子通道

▶ 優(yōu)化了分子動力學的計算步驟，每一個計算步驟都可以通過作業(yè)提交系統(tǒng)進行資源分配；
▶ QM/MM升級為64位可執(zhí)行程序。

藥效團Pharmacophores
▶ 新增Ensemble Pharmacophore Generation ：從一組活性配體生成一組共同特征的藥效團。活性配體使用2D指紋進行聚類。對于每個聚類，從聚類中心選擇5個配體，然后使用共同特征藥效團算法創(chuàng)建藥效團；
▶ 新增Interaction Pharmacophore Generation ：從受體-配體復合物的非鍵相互作用出發(fā)產(chǎn)生藥效團模型；

▶ 優(yōu)化了3D QSAR Pharmacophore Generation的驗證方法；
▶ 更新了PharmaDB數(shù)據(jù)庫，容量達到253,818個藥效團模型。

蛋白處理Macromolecules
▶ 優(yōu)化Prepare Proteins 模塊：可以同時處理多個蛋白分子，并添加了并行計算提高計算效率；
▶ 新增Analyze Protein Interface的參數(shù) Neighbor Distance Cutoff：用于確定兩個氨基酸殘基是否相鄰。

抗體設計Antibody

▶ 新增計算抗體黏度，蛋白溶解度；
▶ 優(yōu)化抗體人源化計算Predict Humanizing Mutations 模塊參數(shù)，可以同時自定義重鏈(H)和輕鏈(L)的V基因和J基因；
▶ 計算聚集的工具面板重命名為Predict Protein Formulation Properties。

分子對接Receptor-Ligand Interactions
▶ GOLD接口支持最新版GOLD程序，可實現(xiàn)共價對接功能；
▶ 新增核酸分子與配體分子的2D相互作用圖；
▶ 優(yōu)化了非鍵相互作用中配體疏水作用的定義方法。

毒性預測TOPKAT
▶ 新增解釋TOPKAT計算結果的內容，幫助更好理解Toxicity Prediction (TOPKAT)和Toxicity Prediction (Extensible)計算的結果。

新操作教程
▶Adding an explicit membrane to a transmembrane protein：“跨膜蛋白添加顯式膜結構”教程
▶ Calculate relative binding free energies using Multi-Site Lambda Dynamics：“MSLD計算相對結合自由能”教程
▶ Generating ensemble pharmacophores from large data sets：“從一組活性配體生成一組共同特征的藥效團”教程
▶ Generating interaction pharmacophores from a protein-ligand complex：“通過受體-配體相互作用產(chǎn)生藥效團模型”教程

程序版本和庫更新
Discovery Studio 2020
▶  支持Pipeline Pilot 2020
▶  CHARMm版本更新至c43b2
▶  MODELER版本更新至v9.22
▶  Dmol³版本更新至v2020
▶  Blast+版本更新至v2.9
▶  抗體模板庫更新至2019年7月
▶  客戶端可以重新下載中斷的作業(yè)（interrupted jobs）

支持
Discovery Studio 2020
▶ 客戶端/服務器的操作系統(tǒng)