DGGE 方法需要設(shè)計特定片段最佳的PCR引物以及最佳變性條件，這一過程比較復(fù)雜，梯度變性膠的制備需要的設(shè)備較昂貴，所以在常規(guī)實驗室不易實施。

DGGE 的成功有賴于雙鏈DNA內(nèi)部低溫解鏈部分變性后遷移率的改變。但在相當(dāng)于最高Tm的變性劑濃度的位置，相應(yīng)的DNA片段可能全部解鏈，使試驗無法檢出存在于高Tm DNA片段中的堿基替換。為了解決此問題，可以在一個PCR 引物的5 ' 端設(shè)計一段富含GC的尾巴，從而使PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物的一端富含GC 堿基對，保證了絕大多數(shù)DNA片段不會發(fā)生完全解鏈，在最高變性劑濃度區(qū)域仍然可以分辨出部分解鏈的異源雙鏈，這一改進(jìn)使DGGE 的突變檢出率接近100%，但DGGE 只能檢測突變是否存在而不能確定突變的位置。