深度空間代謝組學(xué)常見(jiàn)Q&A（五）---離子峰數(shù)

瀏覽次數(shù)：897　發(fā)布日期：2022-7-28　來(lái)源：中科新生命

各位看官大家好！新一期空間代謝組Q&A又來(lái)了！在上一期中，我們介紹了空間代謝組學(xué)中的分辨率（點(diǎn)擊閱讀）。這一期，我們將為大家介紹說(shuō)明空間代謝組學(xué)中的離子峰數(shù)量問(wèn)題。

1.空間代謝組和傳統(tǒng)LC-MS代謝組的離子峰數(shù)有什么差別？

一般情況下提到的空間代謝組學(xué)離子峰數(shù)，是分析整張切片過(guò)程中所有被檢測(cè)到的離子峰數(shù)量�？臻g代謝組圖像中的每個(gè)像素點(diǎn)由質(zhì)譜成像系統(tǒng)獨(dú)立檢測(cè)產(chǎn)生，所以每個(gè)像素點(diǎn)都會(huì)有自己的代謝組信息，選擇不同的區(qū)域（像素集）會(huì)對(duì)應(yīng)不同的離子峰數(shù)量。而傳統(tǒng)的LC-MS代謝組，一個(gè)樣本上機(jī)檢測(cè)到離子峰數(shù)量是固定的，兩者所有區(qū)別。

2.輸出的離子峰數(shù)量是否是越多越好？

不是，盡管檢測(cè)到的離子峰數(shù)量是評(píng)價(jià)空間代謝結(jié)果的重要指標(biāo)，但空間代謝組學(xué)檢測(cè)中很大一部分離子峰源自噪音和離子碎片，該類(lèi)峰沒(méi)有實(shí)際意義，屬于無(wú)效峰，所以單純計(jì)算總離子峰數(shù)量沒(méi)意義，屬于冗余信息需要過(guò)濾處理。

圖無(wú)效離子峰對(duì)應(yīng)分子成像圖

3.如何過(guò)濾掉無(wú)效峰？

深度空間代謝組學(xué)基于質(zhì)譜成像數(shù)據(jù)主流分析軟件Metaboscape^TM對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行了過(guò)濾。其主要處理判斷原則是代謝物在組織和細(xì)胞中會(huì)存在豐度差異，但分布應(yīng)該具有普遍性。所以判斷一個(gè)離子峰是否有效，可以考慮其在整個(gè)區(qū)域中的分布、信號(hào)強(qiáng)度等信息，并建立閾值進(jìn)行篩選。經(jīng)過(guò)數(shù)據(jù)過(guò)濾處理，我們得以確保交付項(xiàng)目結(jié)果中均是有效離子峰的成像圖，從而避免老師們?cè)跀?shù)據(jù)分析時(shí)產(chǎn)生誤導(dǎo)。

圖某實(shí)測(cè)項(xiàng)目在不同閾值下離子峰數(shù)展示

4.深度空間代謝組過(guò)濾之后的離子峰數(shù)量是否符合分析要求？

目前深度空間代謝在過(guò)濾掉大量低質(zhì)量無(wú)效峰后，仍然表現(xiàn)了出優(yōu)異的通量。根據(jù)組織類(lèi)型不同，過(guò)濾后的離子峰數(shù)最高近3000個(gè)，平均約1800個(gè)，是您值得信賴的空間代謝組學(xué)分析產(chǎn)品。

小結(jié)：空間代謝組學(xué)的數(shù)據(jù)是一種高維數(shù)據(jù)集，由大量空間坐標(biāo)和代謝組數(shù)據(jù)構(gòu)成，相當(dāng)于數(shù)萬(wàn)個(gè)樣本進(jìn)行代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析，不可避免會(huì)產(chǎn)生冗余離子峰信息，所以評(píng)價(jià)和使用數(shù)據(jù)前，不僅要評(píng)價(jià)離子峰的數(shù)量，同時(shí)更要考慮離子峰質(zhì)量。

索取資料

發(fā)布者：上海中科新生命生物科技有限公司
聯(lián)系電話：021-54665263
E-mail：marketing@aptbiotech.com

【點(diǎn)擊可查看上海中科新生命生物科技有限公司相關(guān)服務(wù)】

標(biāo)簽：空間代謝組

分享到：QQ空間新浪微博騰訊微博微信

【所有文章】【本類(lèi)新聞】【相關(guān)服務(wù)】【關(guān)閉窗口】

本類(lèi)文章

本類(lèi)新聞

新婚娇妻系列友人妻,区二区三区玖玖玖,美女爽到高潮嗷嗷嗷叫免费网站,深夜福利小视频在线观看

深度空間代謝組學(xué)常見(jiàn)Q&A（五）---離子峰數(shù)