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德國(guó)POLYGEN合成儀應(yīng)用:開(kāi)發(fā)DNA模塊化可編程策略

瀏覽次數(shù):1342 發(fā)布日期:2023-2-9  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)

當(dāng)前,藥物設(shè)計(jì)及研發(fā)的一個(gè)熱門(mén)方向是構(gòu)筑雙價(jià)配體分子。該類(lèi)分子是將兩個(gè)藥效明確的配體分子通過(guò)連接子偶聯(lián)形成;其中,每個(gè)配體分子分別識(shí)別兩個(gè)不同蛋白受體的位點(diǎn)、或同一蛋白受體的不同位點(diǎn)(如正構(gòu)或變構(gòu)位點(diǎn)),并通過(guò)連接子協(xié)調(diào)配體-受體的相互作用,從而增強(qiáng)藥物療效、提高藥物選擇性、并克服耐藥等。雙價(jià)配體分子可以調(diào)控的蛋白受體眾多,如G蛋白偶聯(lián)受體(GPCR)、激酶、離子通道、氧化酶以及二聚化蛋白等。由于在藥物研發(fā)上的優(yōu)勢(shì),雙價(jià)配體分子越來(lái)越受到國(guó)際各大研究機(jī)構(gòu)的關(guān)注,對(duì)許多傳統(tǒng)意義上不可成藥的靶點(diǎn)賦予新的成藥潛力,且已有雙價(jià)配體分子進(jìn)入臨床研究,展示了廣闊的開(kāi)發(fā)前景。

 

構(gòu)筑雙價(jià)配體分子的關(guān)鍵是連接子的篩選及優(yōu)化,因?yàn)樗軌蛲ㄟ^(guò)調(diào)節(jié)兩個(gè)配體分子的空間距離及空間構(gòu)象,影響藥理學(xué)活性。當(dāng)前方法主要采用聚合物(如聚乙烯、聚乙二醇等)作為連接子來(lái)構(gòu)筑并篩選雙價(jià)配體分子,面臨以下問(wèn)題:首先,聚合物連接子在合成中聚合度難以精確控制,導(dǎo)致難以精準(zhǔn)調(diào)控藥效團(tuán)之間的空間距離;其次,聚合物連接子常由單一重復(fù)單元構(gòu)成,難以實(shí)現(xiàn)配體分子與受體結(jié)合時(shí)空間取向的精細(xì)調(diào)節(jié);此外,構(gòu)筑篩選過(guò)程中需要將不同長(zhǎng)度及結(jié)構(gòu)組成的聚合物連接子逐一與藥效團(tuán)進(jìn)行化學(xué)偶聯(lián),合成及純化步驟繁瑣。綜上,雙價(jià)配體分子的高效構(gòu)筑及精細(xì)調(diào)控是制約本領(lǐng)域發(fā)展的瓶頸問(wèn)題。

 

近日,上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院肖澤宇課題組與張健課題組合作,在 Cell 子刊 Chem 發(fā)表了題為:DNA-modularized construction of bivalent ligands precisely regulates receptor binding and activation 的研究論文。

           

該研究開(kāi)發(fā)了DNA模塊化可編程的策略來(lái)構(gòu)筑雙價(jià)配體分子,實(shí)現(xiàn)在單脫氧核苷酸水平對(duì)受體識(shí)別及激活構(gòu)象的精細(xì)調(diào)控。

 

該策略借鑒DNA分子的可編程構(gòu)筑方式,用德國(guó)POLYGEN核酸合成儀將兩個(gè)配體分子分別修飾成可用于DNA固相合成的“類(lèi)核苷酸”藥效團(tuán)模塊,將天然脫氧核苷酸作為連接子模塊,并利用德國(guó)POLYGEN核酸合成儀,自動(dòng)化高效構(gòu)筑雙價(jià)配體分子的篩選庫(kù)。通過(guò)編程脫氧核苷酸的數(shù)目來(lái)精細(xì)調(diào)節(jié)連接子的長(zhǎng)度,實(shí)現(xiàn)對(duì)兩個(gè)藥效團(tuán)之間空間距離在0.33納米尺度的調(diào)控;通過(guò)編程脫氧核苷酸的堿基排列來(lái)調(diào)節(jié)連接子的結(jié)構(gòu)多樣化,實(shí)現(xiàn)對(duì)藥效團(tuán)空間取向的精細(xì)調(diào)控,從而高效篩選獲得對(duì)受體識(shí)別親和力最高、激動(dòng)效能最強(qiáng)的雙價(jià)配體分子。該策略為雙價(jià)配體分子的設(shè)計(jì)開(kāi)發(fā)提供了全新的思路,在藥物設(shè)計(jì)及生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用前景。

 

為證實(shí)此設(shè)計(jì)策略的可行性,團(tuán)隊(duì)結(jié)合各自的研究?jī)?yōu)勢(shì),針對(duì)同一蛋白受體的正構(gòu)和變構(gòu)位點(diǎn),構(gòu)筑了一個(gè)“正構(gòu)-變構(gòu)”雙價(jià)配體分子,即一個(gè)配體分子與蛋白受體的正構(gòu)位點(diǎn)結(jié)合,另一個(gè)配體分子與變構(gòu)位點(diǎn)結(jié)合。具體而言,本工作中蛋白受體選用M1毒蕈堿型乙酰膽堿受體(M1Rs),是一類(lèi)與認(rèn)知功能、腫瘤發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)的GPCR受體。雙價(jià)配體分子中,一個(gè)配體分子為正構(gòu)激動(dòng)劑占諾美林(簡(jiǎn)稱(chēng)X),識(shí)別M1Rs的正構(gòu)位點(diǎn);另一個(gè)配體分子為變構(gòu)調(diào)節(jié)劑BQCA(簡(jiǎn)稱(chēng)B),識(shí)別M1Rs的變構(gòu)位點(diǎn)。通過(guò)這樣一個(gè)“正構(gòu)-變構(gòu)”雙價(jià)配體分子的協(xié)同調(diào)節(jié),實(shí)現(xiàn)對(duì)M1受體(而非M2~M5受體)亞型的識(shí)別及激動(dòng)選擇性,降低副作用。

 

 

研究團(tuán)隊(duì)首先借鑒天然脫氧核苷酸的修飾策略構(gòu)建了X與B的藥效團(tuán)模塊,并證實(shí)修飾后保留了原藥的活性。進(jìn)一步,利用POLYGEN核酸合成儀固相合成技術(shù),設(shè)計(jì)了藥效團(tuán)間含有1-7個(gè)脫氧核苷酸的雙價(jià)配體,篩選發(fā)現(xiàn)當(dāng)連接子為兩個(gè)脫氧核苷酸時(shí),雙價(jià)配體對(duì)于M1受體的選擇性最強(qiáng)。在此基礎(chǔ)上,對(duì)兩個(gè)脫氧核苷酸的堿基排列進(jìn)行編程,得到16種含有不同結(jié)構(gòu)組成連接子的雙價(jià)配體庫(kù),篩選發(fā)現(xiàn)單脫氧核苷酸水平排列的差異化使雙價(jià)配體對(duì)M1受體激動(dòng)的效價(jià)強(qiáng)度呈現(xiàn)出最低10-3的細(xì)微改變,且當(dāng)連接子的堿基排列為“AA”時(shí),雙價(jià)配體選擇性激動(dòng)M1受體的能力最強(qiáng),比傳統(tǒng)方法提高近30倍。

 

最后,研究團(tuán)隊(duì)探討了此最優(yōu)雙價(jià)配體與M1受體作用的分子機(jī)制。通過(guò)分子對(duì)接預(yù)測(cè)并實(shí)驗(yàn)證實(shí)了此雙價(jià)配體與M1受體作用的氨基酸位點(diǎn)。據(jù)此通過(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬,發(fā)現(xiàn)BAAX雙價(jià)配體可將M1受體構(gòu)象穩(wěn)定在其激活構(gòu)象最接近的狀態(tài),從而展示了強(qiáng)效激活M1受體的能力。

 

德國(guó)POLYGEN GMBH作為核酸合成儀最早一批的先驅(qū)者,擁有全球獨(dú)一無(wú)二的(COLUMN SLIDER SYSTERM)滑塊系統(tǒng)專(zhuān)利技術(shù),于1992年3月6日在德國(guó)專(zhuān)利局獲得了專(zhuān)利證書(shū),從而使核酸合成試劑消耗量大幅降低,特別適合特殊修飾合成。北京賽百盛、樂(lè)普(北京)醫(yī)療器械股份有限公司、廈門(mén)致善生命科學(xué)有限公司、天津鍵凱科技有限公司,天津Ambison Bioscince Inc.等多家引物合成服務(wù)商和診斷試劑公司已選擇POLYGEN合成儀作為特殊修飾合成、siRNA合成、大規(guī)模合成(1umol-30umol)的專(zhuān)用儀器。
 
德國(guó)POLYGEN合成儀現(xiàn)已在:武漢大學(xué)化學(xué)院、香港大學(xué)化學(xué)系、廈門(mén)大學(xué)譜學(xué)分析與儀器教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、深圳計(jì)量質(zhì)量檢測(cè)研究院、湖南大學(xué)化工學(xué)院、中國(guó)地質(zhì)大學(xué)材料與化學(xué)學(xué)院、天津醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院、華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院、東南大學(xué)生物電子學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中國(guó)科學(xué)院長(zhǎng)春應(yīng)用化學(xué)研究所、山西醫(yī)科大學(xué)、北京放射醫(yī)學(xué)研究所、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所等醫(yī)藥研發(fā)實(shí)驗(yàn)室,等等科研單位的核酸合成儀招標(biāo)項(xiàng)目中標(biāo)。

德國(guó)POLYGEN GMBH公司從1990年開(kāi)始,在引物合成和DNA/RNA合成儀制造領(lǐng)域擁有30年的經(jīng)驗(yàn),POLYGEN在德國(guó)研制和生產(chǎn)DNA/RNA合成儀和純化儀系列產(chǎn)品。歐洲、美國(guó)、日本和中國(guó)市場(chǎng)上最大和最成功的引物生產(chǎn)商正在使用POLYGEN的儀器設(shè)備。

德國(guó)POLYGEN系列DNA合成儀主要型號(hào):POLYGEN-10(10柱合成儀)、POLYGEN-12(12柱合成儀)、POLYGEN-48(48柱合成儀)、POLYGEN-96(96柱合成儀)、POLYGEN-192(192柱合成儀)

POLYGEN合成儀是最適合特殊修飾合成。
POLYGEN合成儀是高純度核酸引物合成的最佳選擇。
POLYGEN合成儀是長(zhǎng)鏈和超長(zhǎng)鏈引物、熒光標(biāo)記/探針、RNA/LNA等高難度引物合成的最佳選擇。

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