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Arrayjet生物芯片點(diǎn)樣儀制備蛋白芯片助力馬科動(dòng)物哮喘的研究

瀏覽次數(shù):401 發(fā)布日期:2025-2-20  來(lái)源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責(zé)任自負(fù)
與人類(lèi)相似,馬科動(dòng)物也會(huì)因各種過(guò)敏源而罹患嚴(yán)重哮喘(Severe asthma ,簡(jiǎn)稱(chēng)SA),即非常流行的下呼吸道疾病。雖然已有部分研究表明,SA的誘發(fā)與過(guò)敏原特異性免疫球蛋白 E(IgE)的表達(dá)水平升高相關(guān),并嘗試蛋白芯片進(jìn)行診斷檢測(cè),但由于疾病分類(lèi)的統(tǒng)計(jì)方法不明確、測(cè)試的過(guò)敏原范圍有限,無(wú)法有效運(yùn)用。


 
來(lái)自英國(guó)諾丁漢大學(xué)的一個(gè)研究團(tuán)隊(duì)在《Journal of Veterinary Internal Medicine》雜志發(fā)表了文章《Microarray molecular mapping of horses with severe asthma》。該文作者選取了來(lái)自法國(guó)、美國(guó)和加拿大共35匹馬,利用微陣列芯片技術(shù)分析統(tǒng)計(jì)其血清樣本與各種過(guò)敏原之間的免疫反應(yīng),并基于最小二乘法(PLS-DA)構(gòu)建一種基于免疫學(xué)原理和高通量芯片技術(shù)的馬匹哮喘檢測(cè)方案,對(duì)環(huán)境因素與馬匹罹患SA之間的關(guān)系進(jìn)行深入分析。

實(shí)驗(yàn)方法:
  • 1.樣品準(zhǔn)備:選取來(lái)自法國(guó)、美國(guó)和加拿大共35匹馬(SA 17例,對(duì)照組18例)。麻醉后以生理鹽水肺泡灌洗的方式收集肺泡灌洗液,采集靜脈血提取血清。
  • 2.細(xì)胞計(jì)數(shù):肺泡灌洗液制備細(xì)胞樣本,統(tǒng)計(jì)灌洗液中的細(xì)胞數(shù)目并染色分析。
  • 3.蛋白芯片高通量分析:收集來(lái)自各種真菌、細(xì)菌、花粉、節(jié)肢動(dòng)物和與馬環(huán)境相關(guān)的其他物質(zhì)的提取物(n=153)和純蛋白(n=231),利用英國(guó)Arrayjet公司的Ultra Marathon II生物芯片點(diǎn)樣儀(對(duì)應(yīng)新型號(hào)Mercury 1000-S),將這些提取物和純蛋白點(diǎn)印在包被硝酸纖維素膜的載玻片上,制備蛋白抗原生物芯片。將步驟1中收集的血清樣本與制備的生物芯片雜交,并用生物芯片掃描儀判讀雜交結(jié)果。
  • 4.采用主成分分析和PLS-DA分析雜交結(jié)果。
實(shí)驗(yàn)結(jié)果:
基于PLS-DA 模型,針對(duì)不同來(lái)源的馬匹,首先篩選出了一批與哮喘相關(guān)的過(guò)敏原,并根據(jù)顯著性水平進(jìn)行評(píng)分和排名。其次,結(jié)合肺泡灌洗液的細(xì)胞培養(yǎng)結(jié)果,進(jìn)一步評(píng)價(jià)了PLS-DA的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性,并用ROC曲線(xiàn)定量。如果ROC曲線(xiàn)下的面積(AUC)等于1,說(shuō)明判別結(jié)果與真實(shí)情況完全一致;如等于0,則說(shuō)明判別結(jié)果完全錯(cuò)誤;AUC越接近1,說(shuō)明PLS-DA模型的判斷準(zhǔn)確率越高。實(shí)際結(jié)果顯示,對(duì)于來(lái)源于加拿大和法國(guó)的馬匹,免疫蛋白芯片的預(yù)測(cè)結(jié)果與真實(shí)結(jié)果一致性很高(AUC分別為0.995與0.867),但對(duì)于美國(guó)的馬匹,AUC僅為0.38,說(shuō)明結(jié)果的準(zhǔn)確性不足(可能過(guò)敏原范圍有限)。(圖1)

圖1: 基于最小二乘法的ROC曲線(xiàn),藍(lán)色區(qū)域?yàn)?5%置信區(qū)間。(A)加拿大;(B)法國(guó);以及(C)美國(guó)。

基于上述結(jié)果,結(jié)合細(xì)胞計(jì)數(shù)和染色的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),作者得出結(jié)論,馬匹是否患有SA,環(huán)境因素有很大影響。這表現(xiàn)在不同地區(qū)的IgE致敏曲線(xiàn)有顯著差異,而且不同地區(qū)導(dǎo)致SA的過(guò)敏原也鮮有交叉,能識(shí)別到的共同過(guò)敏原只有Hev b 5.0101、Cyn D、Der p 2 和 Rum cr 。是否患有SA,在實(shí)際的判斷分析過(guò)程中,不能忽視馬匹來(lái)源、馬匹個(gè)體因素和環(huán)境因素的多重影響。同時(shí),蛋白微陣列芯片作為一種新技術(shù),在診斷馬的SA疾病中表現(xiàn)出了不錯(cuò)的應(yīng)用潛力。在今后可以結(jié)合其他方法并優(yōu)化數(shù)學(xué)模型,以提高鑒定準(zhǔn)確率。

更多內(nèi)容請(qǐng)閱讀原文:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10800233/

Arrayjet位于英國(guó)愛(ài)丁堡,專(zhuān)注于提供生物芯片應(yīng)用領(lǐng)域的解決方案及服務(wù)。自2000年公司成立即致力于開(kāi)發(fā)新型生物樣品噴點(diǎn)方案–噴墨式液體處理平臺(tái),該系統(tǒng)于2006年上市,目前用戶(hù)遍布全球27個(gè)國(guó)家。

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