當前,藥物設(shè)計及研發(fā)的一個熱門方向是構(gòu)筑雙價配體分子。該類分子是將兩個藥效明確的配體分子通過連接子偶聯(lián)形成;其中,每個配體分子分別識別兩個不同蛋白受體的位點、或同一蛋白受體的不同位點(如正構(gòu)或變構(gòu)位點),并通過連接子協(xié)調(diào)配體-受體的相互作用,從而增強藥物療效、提高藥物選擇性、并克服耐藥等。雙價配體分子可以調(diào)控的蛋白受體眾多,如G蛋白偶聯(lián)受體(GPCR)、激酶、離子通道、氧化酶以及二聚化蛋白等。由于在藥物研發(fā)上的優(yōu)勢,雙價配體分子越來越受到國際各大研究機構(gòu)的關(guān)注,對許多傳統(tǒng)意義上不可成藥的靶點賦予新的成藥潛力,且已有雙價配體分子進入臨床研究,展示了廣闊的開發(fā)前景。
構(gòu)筑雙價配體分子的關(guān)鍵是連接子的篩選及優(yōu)化,因為它能夠通過調(diào)節(jié)兩個配體分子的空間距離及空間構(gòu)象,影響藥理學活性。當前方法主要采用聚合物(如聚乙烯、聚乙二醇等)作為連接子來構(gòu)筑并篩選雙價配體分子,面臨以下問題:首先,聚合物連接子在合成中聚合度難以精確控制,導(dǎo)致難以精準調(diào)控藥效團之間的空間距離;其次,聚合物連接子常由單一重復(fù)單元構(gòu)成,難以實現(xiàn)配體分子與受體結(jié)合時空間取向的精細調(diào)節(jié);此外,構(gòu)筑篩選過程中需要將不同長度及結(jié)構(gòu)組成的聚合物連接子逐一與藥效團進行化學偶聯(lián),合成及純化步驟繁瑣。綜上,雙價配體分子的高效構(gòu)筑及精細調(diào)控是制約本領(lǐng)域發(fā)展的瓶頸問題。
近日,上海交通大學醫(yī)學院肖澤宇課題組與張健課題組合作,在 Cell 子刊 Chem 發(fā)表了題為:DNA-modularized construction of bivalent ligands precisely regulates receptor binding and activation 的研究論文。
該研究開發(fā)了DNA模塊化可編程的策略來構(gòu)筑雙價配體分子,實現(xiàn)在單脫氧核苷酸水平對受體識別及激活構(gòu)象的精細調(diào)控。
該策略借鑒DNA分子的可編程構(gòu)筑方式,用德國POLYGEN核酸合成儀將兩個配體分子分別修飾成可用于DNA固相合成的“類核苷酸”藥效團模塊,將天然脫氧核苷酸作為連接子模塊,并利用德國POLYGEN核酸合成儀,自動化高效構(gòu)筑雙價配體分子的篩選庫。通過編程脫氧核苷酸的數(shù)目來精細調(diào)節(jié)連接子的長度,實現(xiàn)對兩個藥效團之間空間距離在0.33納米尺度的調(diào)控;通過編程脫氧核苷酸的堿基排列來調(diào)節(jié)連接子的結(jié)構(gòu)多樣化,實現(xiàn)對藥效團空間取向的精細調(diào)控,從而高效篩選獲得對受體識別親和力最高、激動效能最強的雙價配體分子。該策略為雙價配體分子的設(shè)計開發(fā)提供了全新的思路,在藥物設(shè)計及生物醫(yī)學研究領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用前景。
為證實此設(shè)計策略的可行性,團隊結(jié)合各自的研究優(yōu)勢,針對同一蛋白受體的正構(gòu)和變構(gòu)位點,構(gòu)筑了一個“正構(gòu)-變構(gòu)”雙價配體分子,即一個配體分子與蛋白受體的正構(gòu)位點結(jié)合,另一個配體分子與變構(gòu)位點結(jié)合。具體而言,本工作中蛋白受體選用M1毒蕈堿型乙酰膽堿受體(M1Rs),是一類與認知功能、腫瘤發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)的GPCR受體。雙價配體分子中,一個配體分子為正構(gòu)激動劑占諾美林(簡稱X),識別M1Rs的正構(gòu)位點;另一個配體分子為變構(gòu)調(diào)節(jié)劑BQCA(簡稱B),識別M1Rs的變構(gòu)位點。通過這樣一個“正構(gòu)-變構(gòu)”雙價配體分子的協(xié)同調(diào)節(jié),實現(xiàn)對M1受體(而非M2~M5受體)亞型的識別及激動選擇性,降低副作用。
研究團隊首先借鑒天然脫氧核苷酸的修飾策略構(gòu)建了X與B的藥效團模塊,并證實修飾后保留了原藥的活性。進一步,利用POLYGEN核酸合成儀固相合成技術(shù),設(shè)計了藥效團間含有1-7個脫氧核苷酸的雙價配體,篩選發(fā)現(xiàn)當連接子為兩個脫氧核苷酸時,雙價配體對于M1受體的選擇性最強。在此基礎(chǔ)上,對兩個脫氧核苷酸的堿基排列進行編程,得到16種含有不同結(jié)構(gòu)組成連接子的雙價配體庫,篩選發(fā)現(xiàn)單脫氧核苷酸水平排列的差異化使雙價配體對M1受體激動的效價強度呈現(xiàn)出最低10-3的細微改變,且當連接子的堿基排列為“AA”時,雙價配體選擇性激動M1受體的能力最強,比傳統(tǒng)方法提高近30倍。
最后,研究團隊探討了此最優(yōu)雙價配體與M1受體作用的分子機制。通過分子對接預(yù)測并實驗證實了此雙價配體與M1受體作用的氨基酸位點。據(jù)此通過分子動力學模擬,發(fā)現(xiàn)BAAX雙價配體可將M1受體構(gòu)象穩(wěn)定在其激活構(gòu)象最接近的狀態(tài),從而展示了強效激活M1受體的能力。