高通量高精度菌落挑取工作站PIXL助力合成生物學(xué)研究
在合成生物學(xué)大環(huán)境下，作為英國(guó)生命科學(xué)行業(yè)中自動(dòng)化儀器領(lǐng)域的領(lǐng)導(dǎo)者，Singer公司在2017年與NUS-SynCTI簽署了一項(xiàng)研究合作協(xié)議，來(lái)構(gòu)思和開(kāi)發(fā)一種新型自動(dòng)化的高通量菌落挑選設(shè)備。能在自動(dòng)化的生產(chǎn)平臺(tái)上高效運(yùn)轉(zhuǎn)，并大大增強(qiáng)了高通量的分析能力。這就是新一代的高通量菌落挑取系統(tǒng)—Singer-PIXL
當(dāng)前，越來(lái)越多的實(shí)驗(yàn)室會(huì)選擇用機(jī)器人取代人工來(lái)挑取數(shù)以千萬(wàn)計(jì)的菌落，而其中關(guān)注的就是挑菌的準(zhǔn)確率。自動(dòng)挑菌的設(shè)備具有挑取一致性、可重復(fù)性、工作時(shí)間長(zhǎng)的優(yōu)點(diǎn)。然而，并不是所有的自動(dòng)挑菌設(shè)備都能達(dá)到高精度挑菌，它們?cè)谔羧r(shí)經(jīng)常會(huì)觸碰到其他物質(zhì)，這也是全面檢測(cè)自動(dòng)挑菌設(shè)備準(zhǔn)確性的重要原因。
Singer公司提供的挑菌平臺(tái)PIXL，多功能、可定制、允許用戶控制挑菌過(guò)程的每個(gè)步驟。在這里，為了檢測(cè)PIXL菌落挑取平臺(tái)的挑取準(zhǔn)確性，從兩方面來(lái)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)：
1、挑取單個(gè)菌落而產(chǎn)生不交叉污染，兩個(gè)菌落間的小距離是多少？
利用“棋盤(pán)陣列”實(shí)驗(yàn)，來(lái)檢測(cè)PIXL挑取陣列菌落的能力。在陣列模式下，PIXL在1536密度陣列下能完美地挑取每一個(gè)菌，準(zhǔn)確率達(dá)到了100%。其中兩個(gè)相鄰菌落中心點(diǎn)之間的距離為2mm，假設(shè)菌落的平均直徑為1mm，我們可以推算出，1536密度陣列中，相鄰菌落邊緣間的距離約為1mm。當(dāng)然，如果菌落直徑大于1mm，相鄰菌落邊緣間的距離小于1mm�？梢钥闯�，PIXL準(zhǔn)確挑菌且不交叉污染所要求的小相鄰菌落邊緣間的距離為1mm。
1536密度陣列的菌落間距示意圖
2、瓊脂的高度會(huì)如何影響挑取準(zhǔn)確率？
瓊脂不平或瓊脂高度的改變是引起挑菌準(zhǔn)確率下降的常見(jiàn)原因，因?yàn)閺木涞较鄼C(jī)的距離直接影響菌落的位置計(jì)算，這是瓊脂高度改變引起的變量因素。較低的瓊脂高度導(dǎo)致菌落到相機(jī)的距離更遠(yuǎn)，使相機(jī)獲取的菌落大小較實(shí)際情況更小。另外，較高的瓊脂高度導(dǎo)致菌落到相機(jī)的距離更近，使菌落看起來(lái)更大。
A)“正常”高度瓊脂 B)更高的瓊脂高度 C)更低的瓊脂高度
為了克服這種常見(jiàn)誤差，PIXL內(nèi)置了一種智能度量標(biāo)準(zhǔn)，自動(dòng)偵測(cè)瓊脂高度并據(jù)此調(diào)整菌落位置信息。
為了檢測(cè)這一性能，向Singer PlusPlates中傾注不同體積的瓊脂，并將芽殖酵母細(xì)胞點(diǎn)種到這些瓊脂上，培養(yǎng)2天后，從每塊板上挑取96個(gè)菌落。其準(zhǔn)確性通過(guò)兩種方法測(cè)定：一是通過(guò)在源板上尋找挑取痕跡；二是通過(guò)在目標(biāo)板上培養(yǎng)菌落并檢測(cè)菌落的生長(zhǎng)。
結(jié)果發(fā)現(xiàn)，當(dāng)平皿中有34~46ml瓊脂時(shí)，相當(dāng)于瓊脂高度在4.7~6.3cm，挑取準(zhǔn)確率高于99%。40ml瓊脂的高度為5.5cm，是Singer PlusPlate平皿高度的一半。
PIXL在不同的瓊脂高度上，挑菌準(zhǔn)確率高于99%
在另一個(gè)單獨(dú)的測(cè)試中，發(fā)現(xiàn)平皿中瓊脂不平，可能是準(zhǔn)備平皿時(shí)桌面不平導(dǎo)致的，但這并不會(huì)影響挑取的準(zhǔn)確性。PIXL在平皿的不同位置成功挑取了40個(gè)菌落。這進(jìn)一步證實(shí)挑菌平臺(tái)可以適應(yīng)不同瓊脂高度的平皿。
Singer-PIXL三大優(yōu)勢(shì)
1友好的用戶界面
Singer-PIXL使用觸摸屏界面來(lái)引導(dǎo)用戶完成整個(gè)工作流程，并能在幾分鐘內(nèi)選擇正確的菌落。對(duì)于用戶而言，它的操作非常簡(jiǎn)單，通常10分鐘就能讓新用戶掌握軟件功能的90%。簡(jiǎn)而言之，輕松無(wú)憂。
2精準(zhǔn)挑選的技術(shù)
PIXL擁有著新研發(fā)的挑取技術(shù)—Pinpoint ，能保障實(shí)驗(yàn)過(guò)程的可靠性和無(wú)菌性。其挑選菌落的針頭無(wú)需像使用金屬針的挑菌設(shè)備一樣，每次都必須對(duì)其進(jìn)行滅菌。Singer-PIXL使用的是基于聚合物材料的PickupLine無(wú)菌挑菌線，該材料能被切割以產(chǎn)生無(wú)菌末端作為新針頭來(lái)轉(zhuǎn)移微生物菌落，去除清洗滅菌環(huán)節(jié)，降低交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)，減少耗材成本。
3自動(dòng)識(shí)別瓊脂厚度
精準(zhǔn)挑選技術(shù)的另一個(gè)優(yōu)勢(shì)是可以自動(dòng)應(yīng)對(duì)瓊脂厚度的變化，以確保在不損壞瓊脂平板的情況下挑選并轉(zhuǎn)移平板上的菌落 。而且執(zhí)行挑選的精準(zhǔn)度可達(dá)50微米，確保細(xì)小菌落的準(zhǔn)確挑取。優(yōu)化的挑取動(dòng)作適用于大多數(shù)的粘性菌：挖、高頻振動(dòng)、輕拍。
PIXL作為新一代高通量高精度菌落挑取工作站，有著無(wú)與倫比的優(yōu)勢(shì)，從研發(fā)到設(shè)計(jì)、從模型到實(shí)踐，都是面向用戶的真實(shí)反饋和體驗(yàn)。作為英國(guó)SINGER公司在大中華區(qū)的獨(dú)家合作伙伴，磐麥科技將會(huì)和SINGER一起繼續(xù)努力，不斷進(jìn)步，為廣大科研客戶提供幫助。
當(dāng)前，越來(lái)越多的實(shí)驗(yàn)室會(huì)選擇用機(jī)器人取代人工來(lái)挑取數(shù)以千萬(wàn)計(jì)的菌落，而其中關(guān)注的就是挑菌的準(zhǔn)確率。自動(dòng)挑菌的設(shè)備具有挑取一致性、可重復(fù)性、工作時(shí)間長(zhǎng)的優(yōu)點(diǎn)。然而，并不是所有的自動(dòng)挑菌設(shè)備都能達(dá)到高精度挑菌，它們?cè)谔羧r(shí)經(jīng)常會(huì)觸碰到其他物質(zhì)，這也是全面檢測(cè)自動(dòng)挑菌設(shè)備準(zhǔn)確性的重要原因。
Singer公司提供的挑菌平臺(tái)PIXL，多功能、可定制、允許用戶控制挑菌過(guò)程的每個(gè)步驟。在這里，為了檢測(cè)PIXL菌落挑取平臺(tái)的挑取準(zhǔn)確性，從兩方面來(lái)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)：
1、挑取單個(gè)菌落而產(chǎn)生不交叉污染，兩個(gè)菌落間的小距離是多少？
利用“棋盤(pán)陣列”實(shí)驗(yàn)，來(lái)檢測(cè)PIXL挑取陣列菌落的能力。在陣列模式下，PIXL在1536密度陣列下能完美地挑取每一個(gè)菌，準(zhǔn)確率達(dá)到了100%。其中兩個(gè)相鄰菌落中心點(diǎn)之間的距離為2mm，假設(shè)菌落的平均直徑為1mm，我們可以推算出，1536密度陣列中，相鄰菌落邊緣間的距離約為1mm。當(dāng)然，如果菌落直徑大于1mm，相鄰菌落邊緣間的距離小于1mm�？梢钥闯�，PIXL準(zhǔn)確挑菌且不交叉污染所要求的小相鄰菌落邊緣間的距離為1mm。
1536密度陣列的菌落間距示意圖
2、瓊脂的高度會(huì)如何影響挑取準(zhǔn)確率？
瓊脂不平或瓊脂高度的改變是引起挑菌準(zhǔn)確率下降的常見(jiàn)原因，因?yàn)閺木涞较鄼C(jī)的距離直接影響菌落的位置計(jì)算，這是瓊脂高度改變引起的變量因素。較低的瓊脂高度導(dǎo)致菌落到相機(jī)的距離更遠(yuǎn)，使相機(jī)獲取的菌落大小較實(shí)際情況更小。另外，較高的瓊脂高度導(dǎo)致菌落到相機(jī)的距離更近，使菌落看起來(lái)更大。
A)“正常”高度瓊脂 B)更高的瓊脂高度 C)更低的瓊脂高度
為了克服這種常見(jiàn)誤差，PIXL內(nèi)置了一種智能度量標(biāo)準(zhǔn)，自動(dòng)偵測(cè)瓊脂高度并據(jù)此調(diào)整菌落位置信息。
為了檢測(cè)這一性能，向Singer PlusPlates中傾注不同體積的瓊脂，并將芽殖酵母細(xì)胞點(diǎn)種到這些瓊脂上，培養(yǎng)2天后，從每塊板上挑取96個(gè)菌落。其準(zhǔn)確性通過(guò)兩種方法測(cè)定：一是通過(guò)在源板上尋找挑取痕跡；二是通過(guò)在目標(biāo)板上培養(yǎng)菌落并檢測(cè)菌落的生長(zhǎng)。
結(jié)果發(fā)現(xiàn)，當(dāng)平皿中有34~46ml瓊脂時(shí)，相當(dāng)于瓊脂高度在4.7~6.3cm，挑取準(zhǔn)確率高于99%。40ml瓊脂的高度為5.5cm，是Singer PlusPlate平皿高度的一半。
PIXL在不同的瓊脂高度上，挑菌準(zhǔn)確率高于99%
在另一個(gè)單獨(dú)的測(cè)試中，發(fā)現(xiàn)平皿中瓊脂不平，可能是準(zhǔn)備平皿時(shí)桌面不平導(dǎo)致的，但這并不會(huì)影響挑取的準(zhǔn)確性。PIXL在平皿的不同位置成功挑取了40個(gè)菌落。這進(jìn)一步證實(shí)挑菌平臺(tái)可以適應(yīng)不同瓊脂高度的平皿。
Singer-PIXL三大優(yōu)勢(shì)
1友好的用戶界面
Singer-PIXL使用觸摸屏界面來(lái)引導(dǎo)用戶完成整個(gè)工作流程，并能在幾分鐘內(nèi)選擇正確的菌落。對(duì)于用戶而言，它的操作非常簡(jiǎn)單，通常10分鐘就能讓新用戶掌握軟件功能的90%。簡(jiǎn)而言之，輕松無(wú)憂。
2精準(zhǔn)挑選的技術(shù)
PIXL擁有著新研發(fā)的挑取技術(shù)—Pinpoint ，能保障實(shí)驗(yàn)過(guò)程的可靠性和無(wú)菌性。其挑選菌落的針頭無(wú)需像使用金屬針的挑菌設(shè)備一樣，每次都必須對(duì)其進(jìn)行滅菌。Singer-PIXL使用的是基于聚合物材料的PickupLine無(wú)菌挑菌線，該材料能被切割以產(chǎn)生無(wú)菌末端作為新針頭來(lái)轉(zhuǎn)移微生物菌落，去除清洗滅菌環(huán)節(jié)，降低交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)，減少耗材成本。
3自動(dòng)識(shí)別瓊脂厚度
精準(zhǔn)挑選技術(shù)的另一個(gè)優(yōu)勢(shì)是可以自動(dòng)應(yīng)對(duì)瓊脂厚度的變化，以確保在不損壞瓊脂平板的情況下挑選并轉(zhuǎn)移平板上的菌落 。而且執(zhí)行挑選的精準(zhǔn)度可達(dá)50微米，確保細(xì)小菌落的準(zhǔn)確挑取。優(yōu)化的挑取動(dòng)作適用于大多數(shù)的粘性菌：挖、高頻振動(dòng)、輕拍。
PIXL作為新一代高通量高精度菌落挑取工作站，有著無(wú)與倫比的優(yōu)勢(shì)，從研發(fā)到設(shè)計(jì)、從模型到實(shí)踐，都是面向用戶的真實(shí)反饋和體驗(yàn)。作為英國(guó)SINGER公司在大中華區(qū)的獨(dú)家合作伙伴，磐麥科技將會(huì)和SINGER一起繼續(xù)努力，不斷進(jìn)步，為廣大科研客戶提供幫助。
標(biāo)簽：
挑菌/接種/復(fù)制
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