Q2：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序能做哪些層面的檢測(cè)？

A2：?jiǎn)渭?xì)胞研究現(xiàn)在最多的是轉(zhuǎn)錄組研究，稱為scRNA-seq的方法進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。當(dāng)然，雖然已發(fā)表的研究很多，但可實(shí)現(xiàn)的檢測(cè)還有染色質(zhì)可接近性檢測(cè)（chromatin accessibility，ATAC-seq）,CNV檢測(cè)，免疫組庫(kù)測(cè)序，表面蛋白檢測(cè)。

Integrative single-cell analysis.Nat Rev Genet. 2019 Jan 29.

Q3：高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的樣本有什么要求？

A3：要想成功做成單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，第一個(gè)要求是細(xì)胞要是活的，現(xiàn)有商用平臺(tái)對(duì)細(xì)胞活率要求較高，最好能達(dá)到90%，原代細(xì)胞不能低于70%。另外，高通量檢測(cè)需要原始提供的細(xì)胞數(shù)量足夠，如果一次實(shí)驗(yàn)最終檢測(cè)到成千上萬(wàn)個(gè)細(xì)胞，需提供高質(zhì)量細(xì)胞量達(dá)到10的5次方以上。同時(shí)，細(xì)胞形態(tài)大小也有要求，一般細(xì)胞直徑在幾十微米以內(nèi)，最好40以下。植物細(xì)胞需要去除細(xì)胞壁，制備原生質(zhì)體。
 

Q4: 不滿足上述細(xì)胞樣本要求，還能做scRNA-seq嗎？

A4: 可以。由于實(shí)驗(yàn)樣本特殊性，不是所有的細(xì)胞都能滿足現(xiàn)有測(cè)序要求，比如神經(jīng)細(xì)胞等。這種情況下，進(jìn)行細(xì)胞核提取，進(jìn)行核轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)是備選方案。當(dāng)然，細(xì)胞核的轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)不能反應(yīng)所有的細(xì)胞信息，但是現(xiàn)有的研究已證明核RNA也能反應(yīng)細(xì)胞特征。

Science. 2019 May 17;364(6441):685-689.

Q5: 怎么定義數(shù)據(jù)分析得到的細(xì)胞類群？

A5: 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析后會(huì)對(duì)細(xì)胞類型進(jìn)行區(qū)分，并且能得到每個(gè)類型的marker基因。但是，這個(gè)結(jié)果是不能將類群定義為現(xiàn)有認(rèn)知的已知類型。因此，需要對(duì)已知類群marker基因和數(shù)據(jù)分類得到的markers進(jìn)行匹配。如果匹配到某個(gè)類群里有已知的marker，就能對(duì)這些類群進(jìn)行已知類型標(biāo)記。


Q6: 不知道研究的組織有哪些marker，怎么辦？

A6: 雖然研究者對(duì)自身研究領(lǐng)域的marker有所了解是天經(jīng)地義的事情，但是對(duì)于剛?cè)腴T的小師弟小師妹來(lái)說(shuō)可能難度有點(diǎn)大。幸運(yùn)的是，現(xiàn)有的一些數(shù)據(jù)庫(kù)可以給我們提供信息：

1.CellMarker(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/)，提供人的158個(gè)組織器官和小鼠81個(gè)器官的marker信息。數(shù)據(jù)信息收集來(lái)自100,000篇文獻(xiàn)報(bào)道。絕對(duì)是Marker界的數(shù)據(jù)庫(kù)Number 1；

2.CancerSEA(http://biocc.hrbmu.edu.cn/Can-cerSEA/)，收錄25種腫瘤類型的4萬(wàn)多個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)。研究腫瘤的，不得不看的數(shù)據(jù)庫(kù)。