應(yīng)用背景
乳腺癌是全球高發(fā)的癌癥之一,女性中,每6例癌癥死亡病例就有1例乳腺癌患者。大多數(shù)乳腺癌的特征是激素受體過表達(HR+乳腺癌),內(nèi)分泌激素剝奪治療方案是該類患者的一線治療方案。內(nèi)分泌治療的原發(fā)性和獲得性耐藥是疾病進展的拐點,導(dǎo)致復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移。
內(nèi)分泌治療的常見耐藥機制的特征是雌激素受體 α 的蛋白構(gòu)象改變,通常是由于編碼該受體的雌激素受體 1(ESR1)基因突變所致。ESR1 突變會大大降低對內(nèi)分泌治療的敏感,尤其是對芳香化酶抑制類藥物的反應(yīng)。ESR1 突變是轉(zhuǎn)移性激素陽性乳腺癌中新興的臨床生物標(biāo)志物。最近的臨床研究表明,在一線治療期間跟蹤液體活檢樣本中的 ESR1 突變非常重要,因為它可以讓臨床醫(yī)生能夠及時將患者的治療藥物從芳香化酶抑制劑轉(zhuǎn)變?yōu)?ESR1受體拮抗藥物。
應(yīng)用亮點:
1、ESR1 12-plex高階多重dPCR檢測:
采用革命性的熒光組合-ESR1 12-plex數(shù)字PCR方法,NioTM+全自動數(shù)字PCR一體機系統(tǒng)和Ruby芯片聯(lián)合,實現(xiàn)單個樣本中12個靶標(biāo)進行絕對定量檢測,可實現(xiàn)單孔12靶點檢測。詳細信息如下:
2、高靈敏度
參考CLSI EP17-A2進行LOB和LOD分析,該檢測方法中11種ESR1突變的LoB 單個和3孔合并檢測范圍分別為0至0.27cp/μL和0至0.18cp/μL,LoD范圍分別為0.99至1.38cp/μL和0.47至0.80cp/μL。
3、血漿和FFPE樣本中ESR1-12plex突變檢測方法驗證:
法國Eugène Marquis中心在Ruby芯片和NioTM+全自動數(shù)字PCR一體機系統(tǒng)平臺上,驗證了ESR1 12-plex在乳腺癌患者血漿和 FFPE樣本的檢測靈敏度和定量能力,與之前檢測結(jié)果高度相關(guān),同時兼具特異性和準(zhǔn)確性。
6個FFPE樣品中, 3個含有突變,均通過ESR1 12-plex成功檢出并定量。使用ESR1 12-plex測定獲得的MAF與Eugène Marquis中心之前檢測結(jié)果,具有良好的相關(guān)性,R2為0.9489(圖5)。在血漿和FFPE樣品上未檢測到假陽性事件。
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高階多重數(shù)字PCR檢測方法:
NioTM+全自動數(shù)字PCR一體機系統(tǒng)具有7個檢測通道,兼容染料組合標(biāo)記的高階多重策略,在染料組合策略中,每個靶標(biāo)都由2個或多個不同的熒光基團,同時可使用單色染料標(biāo)記單個靶標(biāo),在2D分析空間多重靶標(biāo)分簇,為7色通道多重級別擴展至少28重靶標(biāo)提供可能。