在基因組水平上,鑒定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是進(jìn)行體內(nèi)檢測(cè)TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依賴于抗體質(zhì)量,這對(duì)低表達(dá)的蛋白質(zhì)具有很大的挑戰(zhàn)性。所以,ChIP-seq通常在規(guī)模上受到限制,難以進(jìn)行高通量擴(kuò)展。因此,只有少數(shù)轉(zhuǎn)錄因子可以獲得結(jié)合位點(diǎn)信息,大量TFBS的覆蓋范圍僅適用于人類(lèi)和一些模式生物。
DAP-seq具有與ChIP-seq同樣的功能。通過(guò)體外蛋白表達(dá)技術(shù),表達(dá)出帶有標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄因子,和基因組DNA文庫(kù)在體外進(jìn)行結(jié)合,然后分離出所有與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA,再使用高通量測(cè)序,找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。
QQ:624596953
微信:17312598879
DAP-seq的優(yōu)勢(shì)
與ChIP-seq相比,DAP-seq不需要針對(duì)每個(gè)轉(zhuǎn)錄因子制備特異性抗體。具有快速、高通量、節(jié)約時(shí)間成本的優(yōu)勢(shì),并且適用于所有的真核生物。
藍(lán)景科信提供DAP-seq全流程技術(shù)服務(wù)+個(gè)性化數(shù)據(jù)分析,具有豐富的技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)。
已經(jīng)做過(guò)的材料包括:擬南芥,水稻,小麥,玉米,大豆,苜蓿,百脈根,菜心,棗,荔枝,香蕉,毛果楊,胡楊,油松。
bio-equip.com
技術(shù)服務(wù):
1、DAP-seq:高通量檢測(cè)轉(zhuǎn)錄因子或DNA結(jié)合蛋白在基因組上的結(jié)合位點(diǎn)。
2、酵母單雜交:研究
蛋白質(zhì)和特定
DNA序列相互作用。
3、酵母雙雜交:檢測(cè)已知蛋白質(zhì)之間的相互作用,鑒定與已知蛋白相互作用的未知蛋白。
4、EMSA:鑒定或驗(yàn)證DNA結(jié)合蛋白和DNA序列的相互作用。
5、ChIP-seq:高效檢測(cè)重組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子在基因組的結(jié)合位點(diǎn)。
6、DAP-seq與RNA-seq聯(lián)合分析: 分析轉(zhuǎn)錄因子的靶基因在RNA-seq數(shù)據(jù)中的表達(dá)變化,深入挖掘DAP-seq和RNA-seq測(cè)序數(shù)據(jù),增加轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的分析深度。
7、DNA-pull down:鑒定與DNA結(jié)合的蛋白。
歡迎企業(yè)和課題組洽談合作,電話:15632249798(微信同號(hào)),QQ:2522026793